Sekarang ini, kesadaran masyarakat dunia terhadap kesehatan (terutama keamanan pangan), lingkungan (kelestarian lingkungan) dan sosial (pemerataan pendapatan) semakin meningkat. Dalam hal produksi pangan, kesadaran ini mendorong terwujudnya pertanian organik. Pertanian organik adalah sebuah sistem pertanian yang bergantung pada praktek berprinsip ekologi, seperti pengelolaan budidaya dan hama secara biologis, tanpa bahan kimia, antibiotik, dan hormon dalam produksi. Saat ini sistem organik telah merambah ke peternakan dan perikanan. Pasar organik telah berkembang pesat menjadi pasar yang prospektif dengan permintaan yang jauh melebihi penawaran. Akuakultur organik memiliki isu-isu utama yaitu keamanan pangan dan kelestarian lingkungan. Pertama, isu keamanan pangan yaitu penggantian pestisida pabrik dengan pestisida nabati dan pupuk buatan dengan pupuk organik. Kedua, isu kelestarian lingkungan yaitu melakukan penanaman pohon bakau kembali (reforestasi mangrove) dan tetap melakukan polikultur udang-bandeng.
Poin-poin penting yang perlu diperhatikan dalam pembesaran udang adalah perlindungan mangrove dan ekosistem; asal-usul benih dan padat tebar; desain tambak dan kualitas air; penjagaan kesehatan; boleh tidaknya pemberian pakan dan pemupukan; dan pemanenan. Selain itu, desain tambak juga diperhatikan untuk mencegah limbah pertambakan mencemari sumber air. Kegiatan-kegiatan seperti mengaerasi tambak dan pemberian pakan buatan secara penuh tidak diijinkan. Wilayah pertanian terdekat tidak boleh tersalinisasi oleh air tambak. Pematang tambak wajib ditanami mangrove atau tanaman lain. Hanya spesies asli yang boleh dibudidayakan. Benih harus berasal dari hasil budidaya hatcheri organik bukan dari alam. Jika tidak ada hatcheri organik maka diambil dari hatcheri yang ditunjuk oleh oleh pemegang sertifikat.
Kemudian benih ini harus menjalani minimal 2/3 siklus hidupnya secara organik. Diversifikasi spesies sangat disarankan seperti menerapkan budidaya polikultur atau budidaya terpadu perikanan-peternakan-pertanian. Penggunaan bahan kimia, pupuk kimia dan antibiotik dilarang. Oleh karena itu pembasmian hama dan predator dengan menggunakan pestisida sintetis seperti Tiodan diganti dengan pestisida alami seperti saponin, akar tuba dan lain-lain. Ciri menonjol dari budidaya udang tradisional organik dibanding budidaya tradisional non-organik adalah kerapian manajemen. Kriteria-kriteria lain bisa ditambahkan oleh pemegang sertifikat untuk mensukseskan program budidaya organik.
Budidaya udang organik sangat cocok dilaksanakan di kawasan minapolitan kecamatan karena sebahagian besar tambak udang belum terkontaminasi oleh pestisida dan bahan kimia. Secara ekonomis, budidaya udang organik di kawasan minapolitan sangat menguntungkan karena dengan input produksi yang rendah menghasilkan pendapatan yang optimal bagi pembudidaya udang. Harga premium yang didapatkan berdasarkan harga udang organic di pasar international dengan permintaan yang semakin tinggi di Negara-negara maju. Budidaya udang organic harus mengikuti standar yang ditetapkan oleh Negara-negara maju maupun lembaga sertifikasi organik. Pemerintah daerah bisa membuka komunikasi dengan lembaga sertifikasi seperti Naturland dan mengikuti protocol yang di tetapkan sehingga pembudidaya udang bisa mendapatkan sertifikat organik