a. Salinitas
Salinitas atau kadar garam atau kegaraman ialah jumlah berat semua garam (dalam gram) yang terlarut dalam satu liter air, biasanya dinyatakan dengan satuan ‰ (gram/liter). Perairan estuari atau daerah sekitar kuala dapat mempunyai struktur salinitas yang komplek, karena selain merupakan pertemuan antara air tawar yang relatif ringan dan air laut yang lebih berat, juga pengadukan air sangat menentukan (Nontji, 1993).
Salinitas tertinggi biasanya ditemukan di sekitar mulut estuari, semakin ke hulu sungai salinitas akan semakin menurun (Nybakken, 1993). Odum (1993) menyebutkan bahwa kehidupan berbagai jenis fitoplankton tergantung pada salinitas perairan. Salinitas yang berbeda menyebabkan perbedaan jenis fitoplankton.
b. Suhu
Suhu air merupakan faktor yang banyak mendapat perhatian karena dapat dimanfaatkan untuk mengkaji gejala-gejala fisika dalam laut dan juga dalam kaitannya dalam kehidupan hewan, bahkan juga untuk kajian meteorology. Suhu air di permukaan laut di Indonesia umumnya berkisar 23 – 31° C. Suhu air di pantai biasanya sedikit lebih tinggi dibandingkan suhu di lepas pantai. Suhu air di permukaan dipengaruhi oleh curah hujan, penguapan, kelembaban udara, suhu udara, kecepatan angin dan intensitas radiasi matahari (Nontji, 1993). Walaupun variasi suhu di dalam air tidak sebesar di udara, hal ini merupakan faktor pembatas utama karena organisme aquatik sering kali mempunyai kisaran toleransi suhu yang sempit (stenotermal) yang selanjutnya akan mempengaruhi kehidupan organisme aquatik (Odum, 1993).
c. Oksigen
Pemasukan air tawar dan air laut yang teratur ke badan estuari dan ditambah lagi dengan kedangkalan, turbulensi dan percampuran oleh angin, biasanya suplai oksigen cukup banyak dalam kolom air. Kelarutan oksigen dalam air menurun jika suhu dan salinitas meningkat. Jumlah oksigen dalam air akan bervariasi jika parameter suhu dan salinitas bervariasi (Green, 1968).
d. Kecerahan
Penetrasi cahaya sering kali dihalangi oleh zat yang terlarut dalam air karena sifat air di estuari mengandung sejumlah besar partikel dalam suspensi yang sering di sebut dengan kekeruhan. Perairan estuari yang kekeruhannya tinggi, produktivitasnya akan rendah. Hal ini mengakibatkan terganggunya proses fotosintesis karena penetrasi cahaya matahari terhalang oleh partikel-partikel yang disebabkan oleh kekeruhan tersebut. Terganggunya proses fotosintesis menyebabkan fungsi utama fitoplankton sebagai produsen primer, pangkal rantai makanan dan fundamen yang mendukung kehidupan seluruh biota di estuari menjadi terganggu, sehingga kehidupan seluruh biota juga akan terancam (Nontji, 1993).
e. Kecepatan Arus
Walaupun tidak nyata, kecepatan aliran bertambah dari hulu ke hilir. Hal ini disebabkan karena jumlah air bertambah melalui aliran air anak-anak sungai dan hambatan berkurang karena sungai lebih dalam. Terdapat beberapa variasi kecepatan arus sungai sepanjang bagian-bagian sungai dimana bagian yang dangkal arusnya lebih cepat dibandingkan bagian yang lebih dalam dan umum keadaan ini berselang-seling. Arus sangat penting sebagai faktor pembatas terutama pada aliran air. Di samping itu juga arus di dalam aliran air dapat menentukan distribusi gas vital, garam dan organisme plankton (Anwar, 1984).
f. Nutrien
Dalam pertumbuhannya fitoplankton membutuhkan banyak unsur nutrien. Menurut Michael (1985), fosfat dan nitrogen merupakan unsur hara makro yang dimanfaatkan oleh fitoplankton sebagai nutrien sehingga dapat menjadi faktor pembatas bagi pertumbuhan fitoplankton di perairan. Nitrat dapat digunakan untuk menentukan kesuburan perairan. Perairan oligotropik memiliki kandungan nitrat 0 – 0,1 mg/liter, perairan mesotropik sebesar 0,1 – 0,5 mg/liter dan perairan eutropik 0,5 – 5 mg/liter (Wetzel, 1982). Goldman et.al., (1983) menambahkan bahwa fosfor yang digunakan secara efektif untuk pertumbuhan fiitoplankton hanyalah dalam bentuk ortofosfat terlarut.