Faktor – faktor yang mempengaruhi ekosistem air tawar adalah :
1. Temperatur
Air mempunyai kemampuan untuk menahan panas dengan baik, sehingga perubahan temperatur yang terjadi lambat. Perubahan temperatur yang cepat menyebabkan pola sirkulasi air berubah dan berpengaruh terhadap kehidupan organisme akuatik.
2. Kekeruhan
Penetrasi cahaya sering dihambat oleh zat yang larut di dalam air sehingga membatasi zona fotosintesis pada kedalaman air. Bila kekeruhan disebabkan oleh organisme, hal ini merupakan indikasi produktifitas. Tetapi bisa juga kekeruhan disebabkan oleh lumpur yang tersuspensi dan terkoloid yang dapat menjadi faktor pembatas bagi organisme akuatik.
3. Arus
Dengan adanya aliran air penting sekali dalam menentukan gas, garam, dan organisme kecil dalam proses kehidupan di perairan.
4. Konsentrasi Oksigen
Konsentrasi oksigen yang terlarut merupakan kebutuhan biologis setiap organisme dan dapat digunakan sebagai indikasi produktifitas. Semakin rendah 02 yang terlarut, diindikasikan semakin buruk kualitas air tersebut.
5. Konsentrasi garam biogenik
Adanya garam biogenik dalam air dapat mempengaruhi jumlah dan distribusi jenis, karena setiap jenis organisme memiliki kemampuan menahan tekanan osmose yang berbeda-beda. Semakin tinggi konsentrasi garam, maka hewan-hewan akan memiliki membran sel yang relatif tidak permeable.