Walaupun telah muncul banyak permasalahan, sampai saat ini udang masih menjadi produk unggulan perikanan budidaya. Sebagai sebuah alternatif solusi, pentokolan benur cukup membuahkan hasil yakni dengan meningkatnya efisiensi pemanfaatan pakan sekitar 30% (dibandingkan tanpa pentokolan) dengan kelulushidupan mencapai 70% (RICA, 2002). Efek dari efisiensi pemanfaatan pakan selanjutnya adalah peningkatan kualitas perairan sehingga dapat memperbesar keberlanjutan usaha budidaya udang.
Pemberian pupuk buatan pabrik (urea, TSP, NPK) dalam pentokolan benur memiliki banyak fungsi. Kemampuannya memberikan nutrien instan ke perairan mempercepat berkembangnya pakan alami khususnya fitoplankton sehingga menjadi pemicu berkembangnya zooplankton. Selain itu plankton juga memberikan keteduhan pada kultivan dengan membiaskan cahaya matahari. Nutrien instan ini menyebabkan pertumbuhan plankton sangat fluktuatif yakni mencapai blooming dan kematian dalam waktu singkat. Kondisi ini tidak baik bagi kualitas perairan karena variabel-variabel penting di dalamnya yang mendukung kehidupan kultivan akan ikut berfluktuasi (Boyd and Fast, 1992). Kematian plankton tiba-tiba dapat menyebabkan meledaknya populasi bakteri vibrio karena suplai bahan organik berlebihan. Hal ini kemungkinan besar akan membahayakan kelangsungan hidup kultivan (Lavilla-Pitogo, 1996).
Bokashi dikenal sebagai pupuk organik yang efektif memperbaiki kondisi tanah yang rusak akibat pertanian konvensional. Hal ini disebabkan oleh keberadaan mikroorganisme menguntungkan yang disebut effective microorganisms (EM) dan unsur-unsur nutrien didalamnya (IPSA, 2008). Pupuk berfungsi pula sebagai probiotik dengan berkembangnya mikroorganisme menguntungkan dalam tanah sehingga lebih lanjut akan menyediakan lingkungan hidup yang baik bagi organisme diatasnya. Tanah zimogen adalah jenis tanah terbaik (berdasarkan penggolongan tanah secara mikrobiologis) yang mampu menghasilkan bahan-bahan organik menguntungkan seperti asam-asam amino dan vitamin (Higa and Parr, 1994).
EM ternyata mampu berfungsi sebagai probiotik dalam perairan yakni merombak bahan organik dan menekan mikroorganisme pathogen. EM terdiri dari 80 spesies yang masing-masingnya mampu hidup dalam lingkungan berbeda bahkan di air laut. Semua spesies tersebut masuk dalam 5 golongan yakni bakteri asam laktat, bakteri fotosintetik, aktinomisetes, ragi, dan fungi pemfermentasi. Kelima golongan ini secara sinergistik memperbaiki lingkungan mikroorganisme yang mendukung kehidupan (Sahidhir and Bahri, 2008).
Hasil fermentasi jerami bersama pupuk kandang, dedak sebagai starter dan EM menghasilkan bokashi jerami mengandung silikat yang dapat larut dalam air (Adiasmara, 2008). Silikat ini merupakan nutrien pendukung utama pertumbuhan diatom. Diatom masih dibutuhkan dalam pentokolan krustase selain sebagai pakan dan sebagai penjaga kualitas air (Sturmer et al, 1992). Sedangkan berbagai macam mikroorganisme yang berkembang didalamnya berfungsi untuk menjaga kualitas lingkungan tempatnya ditebarkan.
Harga pupuk pabrik yang semakin mahal bagi petani memungkinkan bokashi jerami sebagai pengganti pupuk pabrik. Sebagian besar bahan-bahan yang dibutuhkan hampir tak bernilai ekonomis yakni jerami dan kotoran ternak, selain EM.