Informasi geografik sangat penting diorganisasikan sebelum diolah dalam SIG. bentuk organisasi yang dipilih akan dipengaruhi oleh beberapa hal seperti tipe data yang dipakai, tipe analisis yang akan dilakukan dan metode yang dipakai. Mengoptimalkan faktor-faktor tersebut diatas merupakan upaya yang sangat penting karena ketidakmampuan mengorganisasikan data secara benar dapat mengakibatkan hasil yang tidak optimal.
Dalam peta konversional, informasi geografik biasanya diorganisasikan sebagai perangkat tema atau topic tertentu, yang dapat mencakup jalan-jalan, sungai-sungai, tipe pengunaan lahan, batas-batas politik, dan lain-lain. Contoh peta konvensional yang berkaitan dengan hal ini adalah peta rupa bumi yang mrupakan gabungan berbagai topic dalam suatu bentuk penyajian. Topik-topik dalam peta ini dapat dipisah-pisahkan sebagai lapisan peta yang bertopik tunggal, dan setiap lapisan digambarkan tersendiri dalam proses pembuatan peta final, dalam hal ini berarti pengorganisasiannya bersifat vertikal. Hal yang lain akan dijumpai situasi yang berbeda jika wilayahnya sangat luas. Untuk menggambarkan suatu daerah luas, misalnya suatu negara, diperlukan pemakaian beberapa lembar peta, yang berarti menyimpan bersifat horizontal. Dengan kedua bentuk diatas dapat diketahui untuk menyajikan data perlu dilakukan proses seleksi data yang baik bersifat vertikal maupun horizontal.
Uraian diatas menunjukan bahwa tingkat kedetilan yang dipakai untuk menggambarkan informasi geografik perlu diseleksi sesuai dengan informasi yang diperlukan dan keterbatasan media menyimpan. Peta kertas mempunyai dua fungsi utama, yaitu sebagai wadah penyimpanan informasi geografik dan juga sebagai salah satu bentuk penyampaian informasi. Unsur-unsur seperti simbol, warna, lebar garis, dan lain-lain, dipilih sesuai dengan keperluan untuk menvisualsasikan data peta. Dalam hal ini secara otomatis terdapat dua fungsi peta yaitu sebagai penyimapan data dan sebagaipenyajian data dan informasi yang diturunkan dari sejumlah informasi yang layak dan dapat digambarkan.
Dalam SIG-komputer, organisasi data ini ditangani dengan cara yang berbeda dari pengorganisasian data pada peta tradisional. Proses penyimpanan hingga penyajian data, prosesnya dilakukan terpisah, sehingga tingkat kedetilann dimana informasi geografik dapat disimpan akan dibatasi oleh kapasitas penyimpanan perangkat keras dan perangkat lunak yang dipakai untuk megolah data. Lapisan data dalam SIG terkomputerisasi dikenal dengan istilah layers atau coverage.
Kelayakan peta (produk) yang ingin dihasilkan dikontrol oleh skala, tingkat dan jumlah kedetilan, dan simbol-simbol pada peta acuan yang diinginkan. Secara umum peta output yang dihasilkan akanmempunyai informasi yang kurang detil dari data aslinya, dan tidak diijinkan membuat produk lebih detil. Pembuatan hasil yang lebih detil dari data aslinya pada prinsipnya menyalahi konsep pengolahan informasi, kecuali jika tema yamg ditonjolkan tidak merupakan informasi utama.
Pada peta kertas, semua tahapan diatas berarti membuat peta tersendiri yang terpisahkan dan hal ini relative sulit dilakukan, perbedaan lain dapat dilihat dari tata kerja yang lain dibandingkan dengan peta konversional, misalnya daerah luas akan dibagi menjadi beberapa peta yang lebih kecil untuk memudahkan penyimpanan, yang disesuaikan dengan konsep lapisan data. Dalam SIG terkomperisasi setiap unit peta umumnya disimpan sebagai perangkat perpisah. Selain itu SIG juga mapu menghasilkan fungsi yang canggih untuk menghubungkan satuan-satuan(peta-peta) yang berdampingan secara tepat disepanjang batas mereka ssehingga penyimpananya jauh lebih mudah.