Teknologi Genetika  dalam Perikanan | Taksonomi ikan dengan menggunakan profil DNA atau lebih dikenal dengan istilah “DNA Barcoding”, telah mulai berkembang dan sudah diakui sangat bermanfaat dalam proses identifikasi ikan (Prioli et al., 2002). Lebih lanjut Hebert et al., (2003a; 2003b) menyebutkan bahwa DNA barcoding telah dipakai dan kenal sebagai salah satu teknik yang cepat dan akurat dalam pengidentifikasian species hewan baik vertebrata maupun avertebrata. Lebih lanjut, Hajibabaei et al., (2005) menambahkan bahwa DNA barcoding untuk tujuan pengidentifikasian spesies telah menjadi pilihan yang efektif baik dari segi waktu maupun dana, dan diprediksi akan semakin popular seiring dengan penemuan metode dan alat-alat baru yang lebih sederhana (Hajibabaei et al., 2005).

Selain itu, data DNA ini juga bermanfaat untuk monitoring sumberdaya perikanan (Menezes et al., 2006), konservasi (Dizon et al. 1992; Mesquita et al., 2001) dan usaha-usaha budidaya (Liu et al., 1998; Barriga-Sosa et al., 2004) khususnya untuk proses selective breeding. Data genetik ini penting diketahui dalam kaitan untuk menganalisa aliran gen antar populasi, informasi ini akan sangat bermanfaat untuk memelihara karagaman genetik dalam proses kawin silang misalnya (Palumbi and Cipriano, 1998; Prioli et al., 2002). Secara umum individu yang memiliki karagaman genetik yang tinggi akan memiliki tingkat pertumbuhan  lebih cepat, angka harapan hidup lebih baik, memiliki fekunditas (jumlah telur) yang lebih banyak dan lebih tahan terhadap kondisi lingkungan yang kurang menguntungkan dan penyakit (Carvalho, 1993; Dinesh et al., 1996).

Dalam manajemen sumbedaya perikanan, data genetic merupakan informasi terbaik untuk menentukan status konservasi ikan-ikan, sehingga akan dapat dilakukan langkah-langkah proteksi dan manajemen secara dini. Misalnya ikan-ikan yang memiliki profil genetik yang serupa (uniformity) dapat dilakukan restocking secara translokasi (Teske et al., 2003), sedangkan ikan-ikan yang memiliki perbedaan profil genetik yang tinggi, maka setiap populasi harus dikelola secara terpisah (Brown and Epifanio, 2003).

Dasar analisis DNA barcoding adalah pada genome yang bersegmen pendek, untuk tujuan tersebut Hebert et al.  (2003a) menyarankan menggunakan sekuen suatu gen tunggal mitochondrial DNA yaitu cytochrome oxidase subunit I (COX1) sebagai satu sistim global untuk bio-identification hewan. Frakmen gen COI ini panjang rantainya hanya lebih kurang 650-bp saja. Menurut Ward et al. (2005) frakmen gen COI yang pendek ini sangat cocok untuk membedakan spesies-spesies yang memiliki kekerabatan sangat dekat secara taksonomi, bahkan dapat mengidentifikasi perbedaan sampai tingkatan taksonomi dibawah spesies, misalnya varitas (Rach et al. 2008).

Asia Tenggara diprediksi akan kehilangan 13-42% dari total populasi ikannya, mungkin disebabkan oleh kerusakan lingkungan dan pemanasan global (Brook et al., 2003).  Oleh karena itu usaha-usaha konservasi atau program manajemen sumberdaya perikanan adalah mutlak diperlukan untuk melindunggi keragaman ikan di kawasan ini sebelum kita kehilangan apa yang kita miliki saat ini. Informasi tentang genetika ikan adalah salah satu aspek penting dalam kajian karagaman ikan dalam kaitan untuk menyusun langkah-langkah dan strategi-strategi manajemen dan konservasi yang tepat dan akurat.

Daftar Pustaka

Alikuni, K.H. & S.N. Rao. 1951. On bionomics, deveploment and growth of canvery carp, labeo kontius Jerdon. Rec. Indian Mus. 49: 157-174.

Anonim.  1995. Laporan penelitian uji coba pemulihan populasi ikan semah di batang Merangin Kab. Kerinci Provinsi Jambi. Dinas Perikanan Propinsi Daerah TK. I Jambi.

Anonim.  2003  STA Tea Talk: Freshwater Fishes of Sarawak.  Sarawak  Timber Associationreview, Vol. 120 (Agustus 2003): 4-6.

Bappeda. 2008. Geografi pemerintah Aceh. Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, Provinsi NAD, Banda Aceh.

Barriga-Sosa, I.D.L.A., M.D.L. Jimenez-Badillo,  A.L. Ibanez and J.L. Arredondo-Figuuero. 2004. Variability of tilapias (Oreochromis spp) introduced in Mexico. Morphometric, meristic and genetic characters. Journal of Applied Ichthyology, 20:7-14.

Brook, B.W., N.S. Sodhi, and P.K.L. Ng.  2003. Catastrophic extinctions follow deforestation in Singapore. Nature, 424, 420–423.

Brown, B.L and J.M. Epifanio. 2003. Nuclear DNA. In Hallerman, E.M (ed.). Genetic principles and practises for fisheries scientist. American Fisheries Society, Bethesda, Maryland.

Carvalho, G.R. 1993. Evolutionary aspect of fish distribution: genetic variability and adaptation. Journal of Fish Biology, 43:53-73.

Desai, V.R. 2003. Synopsis of biological data on the Tor mahseer Tor tor (Hamilton, 1822).FAO fisheries Synopsis No. 158.

Dinesh, K.R., T.M. Lim, W.K. Chan and V.P.E. Phang. 1996. Genetic variation inferred from RAPD fingerprinting in three species of tilapia. Aquaculture International, 4:19-30.

Edmonson, W.T. (Ed.). 1959. Freshwater water biology 2nd. John Wiley & Sons, New York,USA.

Gaffar, A.K., A.D.Utomo  dan S. Adjie. 1991. Pola pertumbuhan, makanan dan fekunditas ikan semah (Labeobarbus douronensis) di S. Komering bagian hulu, Sumatera Selatan. Bull. Penel. Perik. Darat Vol. 10 (1): 17-22.

Halver, J.E. 1972. Fish nutrition. Academic Press, New York.

Hajibabaei, M., J. R. deWaard, N. V. Ivanova, S. Ratnasingham, R. T. Dooh, S. L. Kirk, P. M. Mackie and P. D. N. Hebert. 2005. Critical factors for assembling a high volume of DNA barcodes. Philosophical Transactions of the Royal Society B,  360: 1959–1967.

Haryono. 1992. Perikanan dan aspek budidaya pada masyarakat Dayak di sekitar Cagar Alam Kayan Mentarang  Kalimantan Timur. Seminar Borneo Research council Second Biennial. Kota Kinabalu, Mei 1992.

Haryono. 1994. Komunitas ikan di perairan Cagar Alam Kayan Mentarang Kalimantan Timur. Laporan Perjalan.

Hebert, P.D.N., A. Cywinska, S.L. Ball and J.R. de Waard. 2003a. Biological identification through DNA barcodes. Proceeding of Royal Society B, 270: 313-322.

Hebert, P. D. N., S. Ratnasingham and J.R. deWaard, 2003b. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceeding of the Royal Society B, 270 (Suppl. 1): S96–S99.

Haryono. 2003. Komunitas ikan di perairan sekitar Bukit Batikap Kawasan Pegunungan Muller, Kalimantan Tengah. Laporan Perjalanan.

Ingram, B., S. Stephen, T. David, S. Sih-yang, D. Silva & S. Sena. 2005. Indiced spawning, larval development and rearing of two indigenous Malaysian mahseer, Tor  tambroides and T.douronensis broodfish in captivity. Aquaculture Research Vol. 36(10): 983-995.

I.U.C.N. 1990. 1990 IUCN red list of threatened animal. IUCN, Gland and Cambrige.

Kabata, z. 1985. Parasites and diseas of fish cultured in the tropics. Tailor & Francis, London,UK.

Kiat, Ng Chi 2004. The kings of the rivers Mahseer in Malayan and the region. Inter sea Fishery, selangor Malaysia

Kottelat, M., A.J. Whitten, S.n. Kartikasari & S. Wirjoatmodjo. 1993. Freshwater Fishes of Western Indonesia and Sulawesi. Periplus Editions Limited

Kottelat, M. 2001. Tor tambroides in Thailand Thai Mahseer. http://filaman.unikiel. de/Country/CountrySpeciesSummary.cfm?country=Thailand&Ge. Diakses tanggal 23 agustus 2005.

Kerbs, J.R. 1978. Optimal foraging: decision rules for predator in: Behavior ecology, an evolutionary approach. By J.R Krebs & N. davies. Blackwell  Scientific Publication,Oxford.

Liu, Z.J., P. Li, B.J. Argue and R.A. Dunham. 1998. Inheritance of RAPD markers in channel catfish (Ichtalurus punctatus), bule catfish (I. furcatus), and their F1, F2 and backcross hybrids. Animal Genetic, 29 (1):58-62.

Menezes, M.R., M. Ikeda and N. Taniguchi. 2006. Genetic variation in skipjack tuna Katsuwanus pelamis (L) using PCR-RFLP analysis of the mitochondrial DNA D-loop region. Journal of Fish Biology, 68 (supplement A): 156-161.

Mesquita, N., G. Carvalho, P. Shaw, E. Crespo and M. M. Coelho. 2001. River basin-related genetic structuring in an endangered fish species, Chondrostoma lusitanicum, based on mtDNA sequencing and RFLP analysis. Heredity, 86: 253–264

Muchlisin Z.A and M.N. Siti Azizah. 2009. Diversity and distribution of freshwater fishes in Aceh waters, northern Sumatera, Indonesia. International Journal of Zoological Research, 5(2): 62-79.

Muchlisin, Z.A. 2010. Diversity of freshwater fishes in Aceh with emphasis on several biological aspect of the depik (Rasbora tawarensis) an endemic species in Lake Laut Tawar. Ph.D Thesis Universiti Sains Malaysia, Penang. 275p.

Nontji, A. 1992. Lake Kerinci: Fisheries and aquatic weeds problems. Asian wetland Bureu-Indonesia Project Report No. 37.

Pisolkar, M.D. & S.J. Karamchandani. 1981. Fishery and biology of Tor tor (hamilton) from govindargh lake (madya pradesh). J. Inland Fish. Soc. India Vol 13 (1):15-24.

Prioli, S.M.A.P., A.J. Prioli, H.F. Julio Jr, C.S. Pavanelli, A.V. de Oliveira, H. Carrer, D.M. Carraro and L.M. Prioli. 2002. Identification of Astyanax altiparanae (Teleostei, Characidae) in the Iguacu River, Brazil, based on mitochondrial DNA and RAPD markers. Genetic and Molecular Biology, 25(4): 421-430.

Rach, J., R. DeSalle, I. N. Sarkar, B. Schierwater1, and H. Hadrys. 2008 Character-based DNA barcoding allows discrimination of genera, species and populations in Odonata. Proceedings of the Royal Society B, 275: 237–247.

Roberts, T.R. 1999. Fishes of the Cyprinid genus Tor in the Nam Theun Watershed (mekong basin) of aos, with description of a new species. The Raffles Bulletin of Zoology, Vol 47 (1): 225-236.

Palumbi, S.R. and F. Cipriono. 1998. Species identification using genetic tools: the value of nuclear and mitochondrial gene sequences in whale conservation. Heredity, 89: 459-464.

Rupawan. 1999. Beberapa sifat biologi dan ekologi ikan semah (Tor douronensis) di danau Kerinci dan sungai Merangin. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia, Vol. 5(4):1-6

Sabar & I. Rachmatika. 1983. Cara peletakan telur dan pola penyebaran tambra (Labaeobarbus tambra) di dua lubuk sungai, Sumatera Barat. Zoo Indonesia Vol. 1(1): 1-6

Smith, H.M. 1945. The freshwater fishes of Siam, or Thailand. Smithsonian Institution. United States national Museum. Bulletin No. 188, Washington.

Soulsby, E.J.L 1982 Helminth, arthropods and protozoa of domesticated animals. Bailliere Tidal, London, UK.

Subagja, J., S. Asih dan R. Gustiano. 2006. Manajemen induk dalam pembenihan ikan Tor soro. Media Akuakultur Vol. 1(1): 7-11

Sulastri, I. Rachmatika & D.I. Hartoto. 1985. Pola makan dan reproduksi ikan Tor spp. Sebagai dasar budidayanya. Berita biologi 3(3): 84-91

Tan. E.S.P. 1980. Ecological aspects of some Malaysian riverine Cyprinids in reation to their aquacuture potential. Proceedings of Tropical Ecology & Develoment Seminars: 575-762.

Teske, P.R., M.I. Cherry and C.A. Matthee. 2003. Population genetic of the endangered Knysna seahorse, Hippocampus capensis. Molecular Ecology, 12: 1703-1715.

Ward, R.D., T.S. Zemlak, B.H. Ines, P.R. Last and P.D.N. Hebert. 2005. DNA barcoding Australia’s fish species. Philosophical Transactions of the Royal Society B, 360: 1847-1857.

Wei, Z. & C.G. Hua. 1996. A review of Tor species from the Lancangjiang river (Upper Mekong River), China (Teleostei: Cyprinidae). Ichtyol. Explor. Freshwaters Vol. 7(2): 131-142

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *