Menurut tingkat taksonomi ikan karang digolongkan dalam kelas Osteichtyes atau ikan bertulang sejati, sebagian besar masuk dalam ordo Perciformes dan diperkiran terdapat 20857 spesies yang termasuk didalamnya. Dari 50 family Perciformes yang berassosiasi dengan terumbu karang, hanya delapan famili dalam tiga taxa yang berperan penting dalam ekosistem terumbu karang (Choat and Bellwood 1991, Sale 1991):
Labroids : – Labridae (wrasse)
– Scaridae (parrotfishses
– Pomacentridae (damselfishes)
Acanthuroids: – Acanthuridae (surgeonfishes)
– Siganidae (rabbitfishes)
– Zanclidae (moorish idol)
Chaetodontoids: – Chaetodontidae (butterflyfishes)
– Pomacanthidae (angelfishes)
Ikan – ikan dari kelompok diatas mempunyai pola penyebaran yang berhubungan dengan penyebaran terumbu karang. Seluruh daur hidup selama masa post settlement juga berlangsung di wilayah terumbu karang.
Labroids, termasuk didalamnya wrasse, parrotfishes dan damselfishes. Wrasse atau Keling (lokal Bali ) atau Licin (lokal Jepara) adalah family besar dengan 500 spesies karnivorus yang mempunyai spesialisasi mengambil invertebrata bentik terutama krustacea dan moluska. Terdapat sekitar 68 spesies pada parrotfish atau ikan kakaktua dan sebagian besar adalah herbivorous. Damselfish atau Betok mempunyai sekitar 235 spesies dan memiliki perilaku makan sebagai herbivori, planktivori, dan bentik crustacea. Banyak wrasse dan parrotfish yang memiliki perilaku sexual hermaprodit, sedangkan perilaku teritorial adalah hal yang umum pada damselfish (Sale
Acanthuroids, termasuk didalamnya surgeonfishes, rabbitfishes, dan moorish idol. Terdapat 76 spesies surgenfishes atau ikan botana (lokal Bali ), 25 spesies rabbitfishes atau ikan baronang dan 1 spesies moorish idol. Hampir semua spesies ikan ini adalah herbivora dan detrivora, kecuali pada beberapa spesies Acanthurus dan Naso yang planktivora. Pola makan herbivora dalam jumlah besar membuat Acanthuroids memberi pengaruh yang besar terhadap ekosistem terumbu karang, mereka juga memiliki kelimpahan yang tinggi dalam ekosistem terumbu karang. (Sale
Chaetodontoids, termasuk didalamnya butterflyfishes atau kepe – kepe dan angelfishes. Kedua family ini memiliki mulut yang kecil dilengkapi dengan gigi – gigi menyerupai bulu dan merupakan ikan yang mempunyai warna paling cerah di ekosistem terumbu karang. Terdapat 114 spesies kepe – kepe dan 90% terdapat di wilayah Indo-pasific (Allen, 1981). Hampir setengah dari spesies kepe – kepe makan polip karang, dan yang lainnya sebagai pemakan invertebrata kecil, alga dan plankton. Terdapat sekitar 74 spesies angelfishes, mereka mempunyai tiga strategi makan utama: mengkonsumsi invertebrata (terutama sponge), herbivori dan planktivor. (Allen, 1981).
Sale (1991), menambahkan sebelas family ikan lain yang mempunyai assosiasi dengan terumbu karang. Family tersebut adalah: spesies demersal Bleniidae dan Gobiidae; ikan malam Apogonidae dan predator Haemulidae; ikan dengan bentuk aneh Ostraconidae, Tetraodontidae dan Balistidae; piscovorous dan predator laut Serranidae, Lutjanidae, Lethrinidae; dan planktivor Holocentridae.