Komunitas ikan karang mempunyai hubungan yang erat dengan terumbu karang sebagai habitatnya. Banyak ahli yang sepakat bahwa kelimpahan ikan famili Chaetodontidae merupakan indikator kondisi terumbu karang dan terdapat hubungan yang positif antara persen penutupan karang hidup dengan kelimpahan jenis ikan Famili Chaetodontidae ( Hutomo dkk., 1985).
Struktur fisik dari karang batu Scleractinia berfungsi sebagai habitat dan tempat berlindung bagi ikan karang, dimana:
1 Beberapa jenis ikan karang menggunakan habitat ini sebagai tempat berlindung dari predator sehingga merupakan daerah yang aman bagi perkembangan kematangan seksual.
2 Daerah ini sebagai tempat mencari makan dimana sejumlah ikan karang memanfaatkan karang secara langsung (Sale, 1991). Choat dan Bellwood (1991) yang membahas interaksi antara ikan karang dengan terumbu karang menyimpulkan tiga bentuk umum yang diperlihatkan dalam hubungan, yaitu:
• Interaksi langsung, sebagai tempat berlindung dari predator atau pemangsa terutama bagi ikan-ikan muda.
• Interaksi dalam mencari makanan, meliputi hubungan antara ikan karang dan biota yang hidup pada karang terutama alga.
• Interaksi tak langsung akibat struktur karang, kondisi hidrologi dan sedimen. Tipe pemangsaan yang paling banyak di terumbu karang adalah karnivora, yakni ± 59 – 70% dari spesies ikan. Ikan herbivora dan pemakan karang merupakan kelompok besar kedua yaitu ± 15% dari spesies ikan.
• Ikan-ikan pemakan zooplankton memiliki ukuran tubuh yang kecil, yaitu ikan dari Famili Clupeidae dan Antherinidae (Nybakken, 1988).