Sejarah perkembangan bioteknologi dimulai sejak digunakannya mikroorganisme untuk menghasilkan produk yang bermanfaat bagi manusia. Sejak 6000 SM orang Samaria dan Babilonia sedah meminum bir, berarti bahwa telah ditemukan proses produksi minuman beralkohol dengan cara fermentasi. Orang mesir telah membuat roti sejak 4000 SM, pembuatan beberapa makanan lain baik di Eropa maupun di Asia seperti keju, yoghurt, kecap, tempe, pewarna makanan serta pembuatan tape adalah beberapa contoh pemanfaatan mikroorganisme yang sudah ada sejak lama.
  Menurut Suwanto (1998) bioteknologi untuk pertama kalinya dikemukakan oleh Karl Ereky, seorang insinyur Hongaria pada tahun 1917 untuk mendeskripsikan produksi babi dalam skala besar dengan menggunakan bit gula sebagai sumber pakannya. Bioteknologi berasal dari dua kata, yaitu bio yang berarti makhuk hidup dan teknologi yang berarti cara untuk memproduksi barang atau jasa. Dari paduan dua kata tersebut European Federation of Biotechnology (1989) mendefinisikan bioteknologi sebagai perpaduan dari ilmu pengetahuan alam dan ilmu rekayasa yang bertujuan meningkatkan aplikasi organisme hidup, sel, bagian dari organisme hidup, dan analog molekuler untuk menghasilkan produk dan jasa.
Hampir semua antibiotik berasal dari mikroba, demikian pula enzim-enzim yang dipakai untuk membuat sirup fruktosa hingga pencuci pakaian. Dalam bidang pertanian, mikroba penambah nitrogen telah dimanfaatkan sejak abab ke 19. Mikroba pelarut fosfat telah dimanfaatkan untuk pertanian di negara-negara Eropa Timur sejak tahun 1950-an. Mikroba juga telah dimanfaatkan secara intensif untuk membersihkan dan mendekomposisi limbah dan kotoran selama berpuluh-puluh tahun. Dalam bidang medis, vaksin-vaksin tertentu dibuat dari virus atau bakteri yang telah dilemahkan. Bioteknologi memiliki gradien perkembangan teknologi, yang dimulai dari penerapan bioteknologi tradisional yang telah lama dan secara luas dimanfaatkan, hingga teknik-teknik bioteknologi baru dan secara terus menerus berevolusi.
Pemanfaatan mikroba untuk kepentingan manusia telah ada sejak zaman sebelum masehi. Hingga sekarang manusia telah mengalami tiga periode perkembangan bioteknologi, yaitu sebagai Berikut :
a.       Periode bioteknologi tradisional ( sebelum abad ke-15 M )
Dalam periode ini telah ada teknologi pembuatan minuman bir dan anggur menggunakan ragi (6000 SM), mengembangkan roti dengan ragi (4000 SM), dan pemanfaatan ganggang sebagai sumber makanan yang dilakukan oleh bangsa aztek (1500 SM ).
b.      Periode bioteknologi ilmiah ( abad ke-15 sampai ke-20 M)
Periode ini ditandai dengan adanya beberapa peristiwa berikut ini :
1)      Tahun 1670 : usaha penambangan biji tembaga dengan bantuan mikroba di Rio Tinto, Spanyol.
2)      Tahun 1686 : Penemuan mikrosop oleh Antony van Leeuwenhoek yang juga menjadi manusia pertama yang dapat melihat mikroba.
3)      Tahun 1870 : Louis pasteur menemukan adanya mikrob dalam makanan dan minuman.
4)      Tahun 1890 : alkohol dapat dimanfaatkan sebagai bahan bakar motor.
5)      Tahun 1897 : penemuan enzim dari ekstrak ragi yang dapat mengubah gula menjadi alkohol oleh Eduard Buchner.
6)      Tahun 1912 : pengelolahan limbah dengan menggunakan mikrob.
7)      Tahun 1915 : produksi aseton, butanol, dan gliserol dengan menggunakan bakteri.
8)      Tahun 1928 : penemuan zat antibiotik penisilin oleh Alexander Fleming
9)      Tahun 1994 : Produksi besar-besaran penisilin
10)  Tahun.1953 : penemuan struktur asam deoksiribo nukleat ( ADN ) oleh Crick dan Watson. .
c.       Periode bioteknologi modern ( abad ke-20 M sampai sekarang)
Periode ini diawali dengan penemuan teknik rekayasa genetik pada tahun 1970-an. Peran teknologi rekayasa genetik pada era ini semakin terasa dengan diizinkannya penggunaan insulin hasil percobaan rekayasa genetik untuk pengobatan penyakit diabetes di Amerika Serikat pada tahun 1982.
Menurut Jones (2003) aplikasi bioteknologi untuk pertanian selain menawarkan berbagai keuntungan juga memiliki potensi resiko kerugian. Keuntungan potensial bioteknologi pertanian antara lain berupa potensi hasil panen yang lebih tinggi, mengurangi penggunaan pupuk dan pestisida, toleran terhadap cekaman lingkungan, pemanfaatan lahan marjinal, identifikasi dan eliminasi penyakit di dalam makanan ternak, kualitas makanan dan gizi yang lebih baik, dan perbaikan defisiensi mikronutrien.
Menurut Conko (2003), Potensi resiko bioteknologi terhadap pertanian dan lingkungan antara lain efek balik terhadap organisme non-target, pembentukan hama resisten, dan transfer gen yang tidak diinginkan yang meliputi transfer gen ke tanaman liar sejenis, transfer gen penyandi untuk produksi gen toksik, dan transfer gen resisten antibiotik melalui gen penanda antibiotik.

Conko, G. 2003. The Benefits of Biotech. Retgulation Spring, p. 20-25.

Jones, D.D. 2003. Food and Agricultural Biotechnology for the 21 st Century.  

Suwanto, A. 1998. Bioteknologi Molekuler: Mengoptimalkan Manfaat Keanekaragaman Hayati Melalui Teknologi DNA Rekombinan. Hayati, Vol. 5. No. 1. hlm. 25-28.