Ikhtiologi pada awal diperkenalkan oleh Aristoteles (384-322 SM). Aristoteles melakukan observasi untuk membedakan dan membuat ciri-ciri ikan hingga diperoleh sekitar 115 jenis. Dalam penelitian tersebut, pertama kali dikemukakan tentang beberapa hal mengenai ikan misal kelamin ikan hiu dapat ditentukan dari struktur sirip perut. Setelah periode Aristoteles tidak banyak penelitian mengenai ikan, baru pada abad ke 16 muncul nama-nama beberapa peneliti antara lain Pierre belon (1517-1564), H. Salviani (1514-1572) dan G. Rondelet (1507-1557). P. Belon telah mempublikasikan tentang ikan pada tahun 1551, dengan mengklasifikasikan 110 jenis berdasarkan ciri-ciri anatomi ikan. Pada tahun 1554 hingga 1557, Salviani berhasil mempublikasikan 92 spesies ikan. Pada tahun 1554 dan 1555 Rondelet pertama kali mempublikasikan hasil penelitiannya dalam sebuah buku Ikhtiologi. Selanjutnya pengetahuan tentang ikan berkembang cukup pesat, dengan diterbitkannya buku “Natural History of the Fishes of Brazil” pada tahun 1648. Peter Artedi (1705-1735) membuat suatu system klasifikasi ikan yang diberi judul Father of Ichthyology.
Akhirnya Carolus Linnaeus berhasil membuat Systema Naturae dengan mengadopsi system klasifikasi Artedi dan menjadi dasar dari keseluruhan system klasifikasi ikan. Pada pertengahan abad ke 20 Iktiologi semakin berkembang dengan menggabungkan beberapa bidang ilmu seperti Ekologi, Fisiologi dan Tingkah laku dalam perkembangan anatomi dan sistematika ikan. Akhirnya beberapa ahli ikhtiologi seperti C.T Regan, Leo S Berg (1876-1905) dan Carl L Hubbs (1894-1982) memberikan sumbangan yang besar dalam bidang sistematika ikan. Pada tahun 1940 Berg membuat klasifikasi ikan (Classification of Fish) yang menjadi standar dalam pengklasifikasian ikan hingga sekarang.