Dalam arti luas yang dimaksud pupuk ialah suatu bahan yang digunakan untuk mengubah sifat fisik, kimia atau biologi tanah sehingga menjadi lebih baik bagi pertumbuhan tanaman. Termasuk dalam pengertian ini adalah pemberian bahan kapur dengan maksud untuk meningkatkan pH tanah yang masam, pemberian legin bersama benih tanaman kacang-kacangan serta pemberian pembenah tanah (soil conditioner) untuk memperbaiki sifat fisik tanah. Demikian pula pemberian urea dalam tanah yang miskin akan meningkatkan kadar N dalam tanah tersebut. Semua usaha tersebut dinamakan pemupukan. Dengan demikian bahan kapur, legin, pembenah tanah dan urea disebut pupuk.
Dalam pengertian yang khusus pupuk ialah suatu bahan yang mengandung satu atau lebih hara tanaman. Dengan pengertian ini, dari kegiatan yang disebutkan di atas hanya urea yang dianggap pupuk karena bahan tersebut yang mengandung hara tanaman yaitu nitrogen.
Bahan dasar pupuk organik, baik dalam bentuk kompos maupun pupuk kandang dapat berasal dari limbah pertanian, seperti jerami, dan sekam padi, kulit kacang tanah, ampas tebu, batang jagung, dan bahan hijauan lainnya. Sedangkan kotoran ternak yang banyak dimanfaatkan adalah kotoran sapi, kerbau, kambing, ayam, itik dan babi. Disamping itu, dengan berkembangnya pemukiman, perkotaan dan industri makan bahan dasar kompos makin beranekaragam seperti dari tinja, limbah cair, sampah kota dan pemukiman.
Salah satu bentuk pupuk organik yang sekarang sedang banyak digunakan adalah pupuk bokashi. Bokashi adalah suatu kata dalam bahasa Jepang yang berarti “bahan organik yang telah difermentasikan”. Pupuk bokashi dibuat dengan memfermentasikan bahan-bahan organik (dedak, ampas kelapa, tepung ikan, dsb) dengan EM (Efektive Microorganism). Biasanya bokashi ditemukan dalam bentuk serbuk atau butiran. Bokashi sudah digunakan para petani Jepang dalam perbaikan tanah secara tradisional untuk meningkatkan keragaman mikroba dalam tanah dan meningkatkan persediaan unsur hara bagi tanaman. Secara tradisional bokashi dibuat dengan cara menfermentasikan bahan organic seperti dedak dengan tanah dari hutan atau gunung yang mengandung berbagai jenis mikroorganisme.
Akan tetapi, saat ini telah dikenal EM Bokashi yaitu bokashi dengan bahan organik yang difermentasikan dengan mikroorganisme efektif, bukan dengan tanah dari hutan atau gunung. EM yang digunakan dalam pembuatan bokashi adalah suatu kultur campuran berbagai mikriorganisme yang bermanfaat (terutama bakteri fotosintetik dan bakteri asam laktat, ragi, actinomycetes, dan jamur peragian) dan dapat digunakan sebagai inokulan untuk meningkatkan keragaman mikroba tanah. Penggunaan EM dalam pembuatan bokashi selain dapat memperbaiki kesehatan dan kualitas tanah juga bermanfaat memperbaiki pertumbuhan serta jumlah dan mutu hasil tanaman.
Pemikiran tentang penggunaan mikroorganisme efektif ini dikembangkan oleh Prof. Teruo Higa dari Jepang. Teruo telah menemukan mikroorganisme yang dapat hidup secara bersama dalam kultur campuran dan secara fisioligis dapat bergabung satu dengan yang lain. Menurutnya, bila kultur ini dimasukan dalam lingkungan alami, maka pengaruh baik masing-masing akan lebih berlipat ganda secara sinergis. Menurutnya juga, kultur EM tidak mengandung mikroorganisme yang telah dimodifikasi secara genetik, tetapi kultur ini merupakan campuran berbagai spesies mikroba yang terdapat dalam lingkungan alami di dunia.
Bahan pupuk selain mengandung hara tanaman umumnya mengandung bahan lain, yaitu:
1. Zat pembawa atau karier (carrier). Double superfosfat (DS): zat pembawanya adalah CaSO4 dan hara tanamannya fosfor (P).
2. Senyawa-senyawa lain berupa kotoran (impurities) atau campuran bahan lain dalam jumlah relatif sedikit. Misalnya ZA (zwavelzuure amoniak) sering mengandung kotoran sekitar 3% berupa khlor, asam bebas (H2SO4) dan sebagainya.
3. Bahan mantel (coated) ialah bahan yang melapisi pupuk dengan maksud agar pupuk mempunyai nilai lebih baik misalnya kelarutannya berkurang, nilai higroskopisnya menjadi lebih rendah dan mungkin agar lebih menarik. Bahan yang digunakan untuk selaput berupa aspal, lilin, malam, wax dan sebagainya. Pupuk yang bermantel harganya lebih mahal dibandingkan tanpa mantel.
4. Filler (pengisi). Pupuk majemuk atau pupuk campur yang kadarnya tinggi sering diberi filler agar ratio fertilizer nya dapat tepat sesuai dengan yang diinginkan, juga dengan maksud agar mudah disebar lebih merata
Dalam praktek perlu diketahui istilah-istilah khusus yang sering digunakan dalam pupuk antara lain ialah:
a. Mutu pupuk atau grade fertilizer artinya angka yang menunjukkan kadar hara tanaman utama (N,P, dan K) yang dikandung oleh pupuk yang dinyatakan dalam prosen N total, P2O5 dan K2O. Misalnya pupuk Rustika Yellow 15-10-12 berarti kadar N 15%, P2O5 10% dan K2O 12%.
b. Perbandingan pupuk atau ratio fertilizer ialah perbandingan unsur N,P dan K yang dinyatakan dalam N total, P2O5 dan K2O merupakan penyederhanaan dari grade ferilizer. Misalnya grade fertilizer 16-12-20 berarti ratio fertilizernya 4:3:5.
c. Mixed ferilizer atau pupuk campuk ialah pupuk yang berasal dari berbagai pupuk yang kemudian dicampur oleh pemakainya. Misalnya pupuk Urea, TSP dan KCl dicampur menjadi satu dengan perbandingan tertentu sesuai dengan mutu yang diinginkan. Hal ini berbeda dengan pupuk majemuk yaitu pupuk yang mempunyai dua atau lebih hara tanaman dibuat langsung dari pabriknya