Walaupun sistem pascapanen merupakan sistem artifisial yang relatif tertutup dari lingkungan luar, organisme yang ada didalamnya cukup beragam dengan berbagai prilaku dan peran ekologi. Aktifitas yang dilakukan satu kelompok organisme mempengaruhi kelompok organisme lain. Campur tangan manusia, misalnya dalam praktik pengendalian hayati, juga menjadi penyebab keberadaan organisme tertentu dalam organisme tertentu dalam ekosistem penyimpanan.

Berbagai peran ekologi dijalani oleh serangga di penyimpanan. Sebagian besar serangga dipenyimpanan adalah kelompok kumbang (coleoptera) yang berperan sebagai pemakan bahan simpan (hama), pemakan sisa, pemakan sisa, pemakan cendawan maupun predator, baik predator obligat maupun fakultatif. Ngengat (lepidotera) umumnya berperan sebagai hama. Sejumlah spesies tabuhan (hymenoptera) menjadi parasitoid  telur dan larva kumbang maupun ngengat secara alami maupun karena sengaja dilepaskan manusia. Larva suatu spesies lalat (diptera) berperan sebagai predator, sementara spesies lainnya berperan sebagai hama di penyimpanan hortikultura. Suatu serangga kecil, psocid (psocoptera) bisa berperan sebagai hama. Sebagai tambahan, rayap (isoptera)dapat pula ditemukan di penyimpanan, walaupun bukan hama secara langsung tetapi merugikan bila menyerang struktur gudang/penyimpanan. Sebagaimana biji-bijian, metabolisme serangga juga mempengaruhi ekosistem penyimpanan.

Serangga di penyimpanan biji-bijian dan bahan simpan berpotensi merugikan karena merusak secara langsung maupun tidak langsung. Kerusakan langsung terjadi karena serangga makan bahan simpan, menyebabkan kontaminasi fisik maupun kimiawi, serta serangan terhadap kemasan, peralatan dan struktur penyimpanan. Kerusakan bisa semakin besar karena menyebabkan kerusakan tidak langsung seperti tumbuhnya cendawan dan kerusakan lainnya. Kerusakan akibat hama pascapanen dapat diartikan sebagai kehilangan berat, kehilangan kandungan gizi, kehilangan daya kecambah, sampai kehilangan finansial.

Semua serangga yang hidup dan berkembang biak pada bahan simpan makan biji-bijian atau produk olahan denagn kuantitas dan cara yang berbeda-beda. Serangga seperti sitophilus, rhyzopertha dan sitotroga makan dari dalam biji menghabiskan 25-60% endosperm biji untuk perkembangan pradewasanya. Serangga lain seperti tribolium dan corcyra makan dari luar biji, bagian embrio menjadi sasaran pertama sebelum beralih ke endosperm biji.

Kadang-kadang kerusakan terbesar yang disebabkan serangga bukan karena prilaku makannya, tetapi karena kontaminasi yang ditimbulkannya. Pada beberapa kasus, seperti karantina misalnya, penolakan terhadap suatu produk perdagangan akibat kontaminasi beberapa ekor serangga dalam satu kemasan kecil tidak jauh berbeda bila serangga tersebut ditemukan dalam satu kontainer atau bahkan satu kapal. Serangga yang mempunyai perilaku makan di dalam biji utuh sulit untuk di deteksi keberadaannya. Kontaminasi baru terlambat diketahui setelah biji utuh mengalami proses pengolahan.

Serangga yang mengidentifikasi biji-bijian maupun produk olahan yang disimpan dapat diklasifikasi menurut arti penting/status secara ekonomi dalam menimbulkan kerusakan, yaitu :
1.      Hama penting adalah spesies yang seringkali menimbulkan kerusakan besar pada bahan simpan biasanya teradaptasi untuk berkembang dalam lingkungan penyimpanan.
2.      Hama minor meliputi sejumlah besar spesies yang berpotensi menimbulkan kerusakan dan kadang-kadang mendekati status hama penting.
3.      Hama insidental pada umumnya tidak menimbulkan kerusakan kuantitatif, namun keberadaannya dianggap sebagai kontaminan yang menurunkan kualitas bahan simpan.
4.      Serangga menguntungkan merupakan serangga yang dikembangkan sebagai alternatif pengendalian hama di penyimpanan.

Infestor internal/hama primer seringkali menjadi hama penting pascapanen karena tngginya tingkat kerusakan, apalagi bila embrio biji juga dikonsumsi. Sifat infestasinya yang tersembunyi (hidden infestation) juga menyebabkan hama ini suli dideteksi dan dibersihakan saat pemrosesan bahan simpan. Infestor internal terdiri dari :
·         Kumbang moncong (famili curculionidae),
·         Kumbang benih (famili bruchidae),
·         Kumbang penggerek (famili bostrichidae),
·         Ngengat penggerek (famili gelechiidae).

Eksternal infestor/hama sekunder dalam keadaan tertentu dapat hidup pada biji-bijian utuh namun tetap saja menyerang dari permukaan luar dan tampaknya menyukai bagian embrio/lembaga. Kelompok hama ini terdiri dari berbagai famili dari ordo coleoptera, lepidoptera, psocoptera dan tungau.

Ordo Coleoptera adalah kelompok serangga yang paling banyak anggotanya dan hampir semua relung ekologis dalam penyimpanan dapat dimamfaatkan olehnya. Famili bruchidae, bostrichidae dan curculionidae berperan sebagai hama primer, sedangkan hama sekunder banyak yang merupakan anggota famili cucujidae, silvanidae dan tenebrionidae. Beberapa famili misalnya cleridae dan dermestidae menyerang bahan simpan hewani. Famili cryptophagidae, mycetophagidae dan ptinidae adalah pemakan cendawan atau scavenger, sedangkan famili staphylinidae, carabidae dan histeridae menjadi predator di penyimpanan. Ada juga yang menyerang bangunan penyimpanan yang terbuat dari kayu, yaitu famili bostrichidae, lyctidae dan scolytidae. Famili trogossitidae dan dermestidae berpupa pada tempat-tempat yang tersembunyi.