Bakteri ada disetiap aquarium mereka melakukan banyak fungsi yang menguntungkan seperti mengurai amonia, nitrit dan nitrat. Tetapi ada juga yang merugikan seperti bakteri patogen.bakteri ini juga ada disetiap aquarium tetapi dengan perawatan kualitas dan parameter air bakteri ini tidak menyebabkan masalah ditambah lagi dengan sistem kekebalan yang ada pada ikan. Bakteri dapat menyebabkan berbagai macam penyakit yang tidak selalu mudah untuk dideteksi.

            a.Vitiligo

            Vitiligo disebabkan oleh bakteri berbeda. Dapat dikenali dengan adanya noda putih berkabut pada sirip atau kulit ikan. Selaput lendir terbuka sehingga daerah tak bersisik menjadi kelihatan. Hal ini bisa menyebabkan kulit ikan akan hancur atau terkelupas.


            b.Fin Rot


            fin rot disebabkan oleh bakteri yang ada di dalam aquarium. Ikan yang sehat tidak akan terkena bakteri ini karena sistem pertahanan yang cukup terhadap bakteri ini. Bakteri ini akan menyerang ikan yang tidak sehat, ikan yang mengalami stress atau kelebihan populasi dalam sebuah aquarium. Fin rot juga bisa terjadi karena adanya penyakit yang lain seperti columnaris, populasi jamur yang berlebihan, luka, parasit dan kondisi air yang tidak higienis.Ekor ikan membusuk pada ujungnya dan menyebar terus sampai ke pangkal ekor. Dengan pemberian obat ikan yang baik ekor ikan akan dapat tumbuh normal kembali


            c.Bacterial Gill Rot
Bacterial Gill rot timbul ketika selaput lendir sensitif pada insang telah diserang parasit. Bagian dalam insang yang telah mati diserang bakteri berwarna putih keabu-abuan.
d.Columnaris
Infeksi yang disebabkan oleh bakteri columnaris ditandai dengan adanya seperti jaringan halus berwarna putih pada mulut, sirip, ekor dan sisik ikan.Pada tahap selanjutnya pada ekor dan sirip kadang-kadang mengalami pembusukan.Pisahkan ikan yang terkena bakteri ini dan lakukan pengobatan.

            e.Aeromonas

            Pendarahan pada sebagian area pada kulit ikan, pendarahan pada anus dan ekor dan sirip merupakan ciri-ciri infeksi yang terjadi karena bakteri Aeromonas dan Pseudomonas.

            f.Dropsy

            Ikan terlalu lama stress dapat menyebabkan melemahnya sistem kekebalan pada ikan dengan begitu memudahkan bakteri menginfeksi.Bakteri menginfeksi usus ikan sehingga ikan malas untuk makan karena adanya gangguan di pencernaan.Pada tahap selanjutnya selaput pada usus akan lepas menempel pada anus berwarna putih dan panjang seperti berak putih. Sehingga makanan tidak dapat lagi dicerna karena organ didalam sudah tidak dapat bekerja dengan baik.Pada tahap akhir karena kerusakan organ hati ikan atau kerusakan organ urin. Akhirnya cairan berkumpul di rongga pada tubuh ikan, pada bagian dalam sisik atau pada mata ikan. Hal ini menyebabkan bengkak pada sisik dan pada mata ikan (pop eyes).

g.Erythrodermatitis

Menyerang ikan-ikan dalam kolam disebabkan oleh bakteri genus Aeromonas.