Menurut Nybakken (1992), berdasarkan bentuk hidupnya plankton dibagi menjadi dua golongan yaitu fitoplankton (plankton nabati) dan zooplankton (plankton hewani). Fitoplankton mempunyai sifat autotrof yang mampu merubah bahan anorganik menjadi bahan organik dan penghasil oksigen yang sangat mutlak diperlukan bagi kehidupan makhluk hidup yang lebih tinggi tingkatannya (Isnansetyo dan Kurniastuti, 1995). Sedangkan zooplankton tidak dapat memproduksi zat-zat organik dari zat-zat anorganik. Zooplankton bersifat herbivore dan karnivor. Zooplankton yang bersifat herbivor akan memakan fitoplankton, sedangkan zooplankton yang bersifat karnivor memakan zooplankton herbivor (Nontji, 1993).
Fitoplankton hanya dapat hidup baik di tempat-tempat yang mempunyai sinar yang cukup, akibatnya fitoplankton hanya dapat dijumpai pada lapisan permukaan laut saja. Mereka juga akan lebih banyak dijumpai pada tempat-tempat yang terletak di daerah continental shelf dan disepanjang pantai dimana terdapat proses upwelling. Daerah-daerah itu biasanya kaya akan baha-bahan organik. Zooplankton adalah suatu grup yang terdiri dari berjenis-jenis hewan yang sangat banyak macam nya termasuk protozoa, coelenterata, moluska, annelida, dan crustacea (Nontji, 1993).
Berdasarkan siklus hidupnya plankton dapat dibagi menjadi dua yaitu holoplankton dan meroplankton. Holoplankton adalah plankton yang seluruh daur hidupnya bersifat planktonik, sedangkan meroplankton adalah plankton yang hanya sebagian dari daur hidupnya yang bersifat planktonik dan terdiri dari berbagai larva hewan laut dan pada stadium dewasa hidup sebagai benthos atau nekton (Nybakken, 1988).
Banyak jenis biota laut yang menghabiskan sebagian dari daur hidupnya sebagai plankton, khususnya pada tingkat larva. Plankton jenis ini disebut meroplankton atau plankton sementara, karena setelah dewasa plankton ini menetap di dasar laut sebagai bentos atau berenang bebas sebagai nekton, contohnya cumi dan kerang-kerangan. Biota laut yang hidup sebagai plankton dari tingkat larva sampai mati (seluruh daur hidupnya) dinamakan holoplankton atau plankton tetap, contohnya Chaetognata dan Copepoda (Romimohtarto et al., 2001).
Berdasarkan habitat hidupnya plankton dibedakan menjadi dua bagian haliplankton yaitu plankton yang hidup dihabitat air laut dan limnoplankton yaitu plankton yang hidup di habitat air tawar. Selanjutnya plankton dapat dibagi berdasarkan ukuran tubuhnya yaitu: Ultraplankton di bawah 2 µm, Nanoplankton 2-20 µm, Mikroplankton 20-200 µm, Mesoplankton 200-2000 µm, Megaplankton di atas 2000 µm (Barus et al., 2001).
Menurut Arinardi et al.(1997), pengelompokan plankton berdasarkan habitat ada dua, yakni :
1. Plankton bahari / plankton laut (Haliplankton)
a. Plankton oseanik : plankton yang hidup di luar paparan benua.
b. Plankton neritik : plankton yang hidup di atas paparan benua (mulut sungai, perairan pantai dan perairanlepas pantai).
c. Plankton air payau : plankton yang hidup di perairan salinitas rendah (0,5 – 30,0 ‰).
2. Plankton air tawar (Limnoplankton)
Semua plankton yang hidup di perairan dengan salinitas kurang dari 0,5 ‰. Wibisono (2005) menyebutkan bahwa berdasarkan ukurannya plankton dapat dibedakan menjadi tiga kelompok, yakni :
- Kelompok net plankton yang berukuran > 50 µ
- Kelompok nano plankton yang berukuran antara 10-50 µ
- Kelompok mikro plankton atau ultra plankton yang berukuran < 10 µ