Pada prinsipnya, peranan pupuk bokashi hampir sama dengan pupuk organik lainnya seprti kompos, namun pada bokashi EM pengaruhnya dipercepat dengan adanya penambahan mikroorganisme efektif.  Bokashi dapat digunakan 3-14 hari setelah perlakuan (fermentasi).  Bokashi dapat digunakan untuk meningkatkan pertumbuhan dan produksi tanaman meskipun bahan organiknya belum terurai seperti pada kompos. Bila bokashi dimasukan kedalam tanah, bahan organiknya dapat digunakan sebagai pakan oleh mikroorganisme efektif untuk berkembangbiak dalam tanah, sekaligus sebagai tambahan persediaan unsur hara bagi tanaman.
            EM yang digunakan dalam pembuatan bokashi sangat berguna sekali dalam perbaikan sifat fisik, kimia dan biologi tanah, juga dapat menekan pertumbuhan hama dan penyakit yang merugikan tanaman.  Dengan demikian penggunaan bokasi EM baik secara langsung maupun tidak, sangat berpengaruh terhadap pertumbuhan tanaman pertanian termasuk padi , palawija dan sayuran.
 Penggunaan bokasi secara rinci berpengaruh terhadap:
–         Peningkatan ketersediaan nutrisi tanaman
–         Aktivitas hama dan penyakit/patogen  dapat ditekan
–         Peningkatan aktivitas mikroorganisme indogenus yang      menguntungkan, seperti Mycorhiza, Rhizobium, bakteri pelarut fosfat, dll.
–         Fiksasi Nitrogen
–         Mengurangi kebutuhan pupuk dan pestisida kimia.
Dengan demikian, dapat terlihat bahwa penggunaan pupuk bokashi memiliki      prinsip ekologi sebagai berikut:
–     Memperbaiki kondisi tanah sehingga menguntungkan pertumbuhan     tanaman terutama pengelolaan bahan organik dan meningkatkan kehidupan biologi tanah
–     Optimalisasi ketersediaan dan keseimbangan daur hara, melalui fiksasi nitrogen, penyerapan hara, penambahan dan daur pupuk dari luar usaha tani.
–     Membatasi kehilangan hasil panen akibat aliran panas, udara dan air dengan cara mengelola iklim mikro, pengelolaan air dan pencegahan erosi
Membatasi kehilangan hasil panen akibat hama dan penyakit dengan melaksanakan usaha preventif melalui perlakuan yang aman.
Bertolak dari kegunaan dan prinsip ekologi dari penggunaan pupuk bokashi tersebut, maka dapat disimpulkan bahwa dengan tersedianya nutrisi tanaman yang cukup dan aktivitas hama dan penyakit yang dapat ditekanpertumbuhan dan produksi tanaman pertanian dapat meningkat baik kualitas maupun kuantitasnyaSelain itu penggunaan pupuk ini juga ramah lingkungan, produk yang dihasilkan tidak tercemar oleh bahan-bahan kimia yang membahayakan kesehatan dan lingkungan.
            Akhirnya, dapat kita simpulkan bahwa dalam rangka peningkatan produksi tanaman pertanian, penggunaan pupuk bokashi  merupakan salah satu alternatif yang bijak, efektif dan efisien.