Sama halnya dengan ekosistem daratan maka ekosistem perairan juga memiliki berbagai komponen penyusun, komponen penyusun itu terdiri dari unsur biotik dan unsur abiotik. Unsur biotik terdiri dari makhluk hidup autotrof, makhluk hidup heterotrof dan dekomposer sedangkan unsur non biotik terdiri dari cahaya matahari, udara, tanah, air dan bebatuan (Soetjipta, 1993). Menurut Odum (1993) komponen biotik dibedakan dengan dasar niche utama pada posisinya dalam rantai makanan sebagai berikut:
- Autotrof, yaitu organisme produsen termasuk didalamnya tumbuhan air dan fitoplankton.
- Phagotroph, yaitu terdiri dari konsumen makro termasuk didalamnya herbivora, karnivora (predator) dan parasit.
- Saprotroph, yaitu terdiri dari konsumen mikro yang berperan sebagai pengurai (dekomposer).