Bekerja dengan bioteknologi berati bekerja dengan mikroorganisme  baik alamiah maupun yang mengalami mutasi atau rekombinasi. Mungkin semua orang mengetahui dengan pasti sifat organisme yang digunakan, yang mungkin kurang mengenalnya, terutama hasil mutasi atau manipulasi genetik. Oleh sebab itu perlu adanya keamanan pada saat penelitian maupun terhadap produk yang dihasilkan. Beberapa hal yang dapat menimbulkan rasa aman tersebut antara lain adalah digunakannya prosedur standar labotarium (Good Laboratary practice), terdapat regulasi untuk penggunaan mikroorganisme tertentu maupun standar produk yang dihasilkan terutama yang diperuntukkan untuk pangan dan kesehatan manisia. Standar keamanan dan regulasi tersebut sudah ada dan diterapkan dengan ketat pada beberapa negara.
Keamanan dari suatu produk bioteknologi sangat berkaitan dengan kualitas dari produk yang dihasilkan. Masing-masing produk bioteknologi baik itu dibidang farmasi, pertanian, pangan dan kimia mempunyai kekurangan dan berbahaya bila peraturan penggunaan yang tidak baik. Misalnya produk bioteknologi dibidang pangan yang menggunakan teknik bantuan mikroba dalam membantu proses pembuatan produk, seperti yoghurt, sosis, wine dan lain sebagainya. Proses pembuatan produk memerlukan terapan sanitasi dan pemilihan mikroba yang baik sesuai kebutuhan, karena dengan tidak adanya penerapan sistem tersebut tidak akan menghasilkan suatu produk yang baik untuk dikonsumsi melainkan membawa penyakit terhadap manusia.
Setiap produk yang menggunakan bantuan mikroba atau stater dalam proses pembuatannya, perlu diperhatikan tingkat keasaman atau pH produk. Setiap mikroorganisme memiliki tingkat pH, Aw dan suhu untuk tetap hidup serta nutrisi. Mikroba patogen merupakan musuh terbesar dari suatu produk pangan, mikroba ini dapat mengakibatkan produk membusuk dan membawa penyakit serta membuat ketahanan (shelf live) produk menurun. Untuk mengatasi terjadinya kontaminan mikroba patogen perlu dilakukan tahap penyimpanan yang baik, baik itu suhu dan Kadar Aw produk.
Sistem ketahanan produk pangan sangat tergantung jenis kemasan (packing) yang digunakan. Fungsi dari kemasan adalah menjaga produk tetap bersih dan melindungi dari terjadi kontaminan, sehingga produk bisa tahan lebih lama. Setiap produk berbeda bahan baku yang dipakai untuk kemasan, baik kemasan plastik, gelas dan kaleng (logam). Untuk menjaga keamanan suatu produk, diberi label yang berfungsi sebagai informasi kepada konsumen. Didalam label terdapat beberapa unsur yaitu:
a.       Nama produk
b.      Label halal
c.       Komposisi
d.      Kodebar
e.       Kadarluarsa
f.       Dinas kesehatan dan BPOM
g.      SNI produk  
Peraturan pemerintah tentang kelayakan suatu produk dipasarkan dapat menjamin keamanan dan ketahanan produk. Banyak produk bioteknologi yang memasuki pasaran menggantikan produk sebelumnya, seperti pada produk obat, diagnosa dan pertanian. Perubahan yang sangat besar memungkinkan akan terjadi pada bidang diagnosa, suatu saat akan banyak penyakit yang dapat didiagnosa dini menggunakan kit diagnosa dan dapat dilakukan sendiri. Pada bidang lain, bioteknologi akan meningkatkan produksi pertanian dengan baik dan kemungkinan akan mengurangi tenaga kerja.
Cukup banyak riset yang bisa membawa dampak kurang menguntungkan bagi manusia. Apakah riset dilakukan terhadap mikroorganisme lain, apalagi yang berkaitan dengan manusia. Untk menjaga kemungkinan penyalah gunaan riset ini, perlu adanya suatu regulasi dan etika menyangkut penelitian bioteknologi yang dikenal sebagai bioetika. Bioetika merupakan studi interdisiplineer tentang masalah yang ditimbilkan oleh penelitian biologi dan kedokeran baik pada skala mikro maupun makro serta dampaknya pada masyarakat luas dan sistem tata nilainya saat ini dan masa datang.oleh karena itu bioetika sangat perlu diterapkan dan penerapannya memerlukan kajian yang tuntas dari segala disiplin ilmu.