Pengaturan eksploitasi dan pengelolaan terhadap sumber daya ikan oleh Pemerintah, dilakukan melalui Undang-undang Republik Indonesia No. 31 tahun 2004 tentang Perikanan. Pada UU ini, secara garis besar berisi dan mengatur tentang :
          Ketentuan Umum
          Asas dan Tujuan
          Ruang Lingkup
          Wilayah Pengelolaan Perikanan
Di dalam bab tentang Wilayah Pengelolaan Perikanan ini, disebutkan bahwa wilayah pengelolaan perikanan Republik Indonesia untuk penangkapan ikan dan atau pembudidayaan ikan meliputi  :
a.        Perairan Indonesia
b.       ZEEI (Zona Ekonomi Eksklusif Internasional)
c.        Sungai, danau, waduk, rawa dan genangan air lainnya yang dapat diusahakan serta lahan pembudidayaan ikan yang potensial di wilayah Republik Indonesia.
Pengelolaan perikanan di luar wilayah pengelolaan perikanan di atas, diatur peraturan perundang-undangan, persyaratan, dan  atau standar internasional yang diterima secara umum.
          Pengelolaan Perikanan
Berkaitan dengan pengelolaan perikanan disebutkan bahwa pengelolaan dilakukan harus memperhatikan kelestarian sumber daya ikan. Pengelolaan penangkapan untuk kepentingan penangkapan ikan dan pembudidayaan ikan harus mempertimbangkan hukum adat dan atau kearifan lokal serta memperhatikan peran serta masyarakat.
Untuk mendukung kebijakan pengelolaan perikanan ini, menteri akan mengeluarkan ketetapan-ketetapan berkaitan dengan ;
a.        Rencana pengelolaan ikan.
b.       Jumlah tangkapan yang diperbolehkan.
c.        Peralatan penangkapan ikan.
d.       Jenis ikan yang dilindungi, dilarang diperdagangkan, dilarang dikeluarkan ke dan dari wilayah Indonesia.
e.        Pengaturan usaha penangkapan ikan.
f.        Kelayakan pengolahan ikan.
          Usaha Perikanan
Dalam pengaturan tentang usaha perikanan, dijelaskan bahwa usaha perikanan dilaksanakan dalam sistem bisnis perikanan yang meliputi praproduksi, produksi, pengolahan, dan pemasaran. Pelaku usaha perikanan di bidang penangkapan, pembudidayaan, pengangkutan, pengolahan, dan pemasaran ikan di wilayah pengelolaan perikanan Indonesia wajib memiliki SIUP (Surat Ijin Usaha Perikanan). Akan tetapi kewajiban memiliki SIUP ini tidak berlaku bagi nelayan kecil dan atau pembudidaya ikan kecil. Sedangkan bagi pelaku usaha yang memiliki dan atau mengoperasikan kapal penangkap ikan baik berbendera Indonesia ataupun asing wajib memiliki SIPI (Surat Ijin Penangkapan Ikan) yang diterbitkan oleh Menteri. Dan setiap kapal yang digunakan untuk mengangkut ikan di wilayah pengelolaan perikanan Indonesia wajib dilengkapi dengan SIKPI (Surat Ijin Kapal Pengangkut Ikan). Ketentuan, syarat dan cara perolehan SIUP, SIPI dan SIKPI diatur dengan Peraturan Menteri.
          Sistem Informasi dan Data Statistik Perikanan.
          Pungutan Perikanan.
          Penelitian dan Pengembangan Perikanan.
          Pendidikan, Pelatihan, dan Penyuluhan Perikanan.
          Pemberdayaan Nelayan Kecil dan Pembudidaya Ikan Kecil.
          Dan aturan-aturan lain yang berkaitan dengan pengawasan perikanan serta ketentuan pidana.
Dalam undang-undang ini, setiap orang yang melakukan usaha dan atau kegiatan pengelolaan perikanan wajib mematuhi ketentuan yang di antaranya meliputi :
          Jenis, jumlah, dan ukuran alat penangkapan ikan.
          Jenis, jumlah, ukuran, dan penempatan alat bantu penangkapan ikan.
          Daerah, jalur, dan waktu atau musim penangkapan ikan.
          Persyaratan atau prosedur operasional penangkapan ikan.
          Pencegahan pencemaran dan kerusakan sumber daya ikan.
          Ukuran atau berat minimum jenis ikan yang boleh ditangkap.
Ketentuan-ketentuan tersebut di atas akan ditetapkan oleh menteri kelautan dan perikanan serta menteri-menteri yang terkait.
Adapun mengenai perizinan usaha perikanan, sebelumnya telah ditetapkan Keputusan Menteri Eksplorasi Laut dan Perikanan Nomor 45 tahun 2000 tentang Perizinan Usaha Perikanan yang didalamnya dijelaskan mengenai :
          Jenis perizinan usaha perikanan, yang meliputi Surat Izin Usaha Perikanan (SIUP), Persetujuan Penggunaan Kapal Asing (PPKA), Surat Ijin Penangkapan Ikan (SIPI), Surat Ijin Kapal Penangkap dan Pengangkut Ikan Indonesia (SIKPPII), Surat Ijin Kapal Pengangkut Ikan (SIKPI), Surat Ijin Kapal Pengangkut Ikan Asing (SIKPIA), Surat Persetujuan Kapal Pengangkut Ikan Asing (SPKPIA).
          Tata cara pemberian dan masa berlaku dari tiap-tiap jenis perizinan usaha perikanan (SIUP, PPKA, SIPI, SIKPPII, SIKPI, SIKPIA, SPKPIA).
          Persetujuan penggunaan kapal asing.
          Syarat-syarat pengajuan SIUP.
          Syarat-syarat pengajuan SIKPPII.