Penyebab penurunan populasi fitoplankton yang utama adalah aktifitas pemangsaan yang intensive oleh zooplankton dan hewan air mikro lainnya yang herbivora, penyebab kedua adalah melalui kematian dan dekomposisi. Fros disitasi oleh Purbani (1999), menyatakan bahwa pemangsaan tidak hanya penyebab mortalitas fitoplankton tetapi juga merubah komposisi fitoplankton.
            Kelompok zooplankton yang bersifat herbivora adalah protozoa, rotifera, kopepoda dan lain sebagainya. Kopepoda merupakan zooplankton pemakan tumbuhan yang mendominasi disemua lautan. Beberapa peneliti menyimpulkan bahwa kopepodalah yang bertanggung jawab dalam mengatur populasi fitoplankton (Nybakken, 1988).
            Tiga teori penting yang dapat menerangkan hubungan terbalik antara fitoplankton dengan zooplankton dijelaskan oleh Dapis disitasi oleh Samosir (1995) sebagai berikut:
a.       Teori dimakannya fitoplankton oleh zooplankton atau the theory of grazzing (Harvey et al. Disitasi oleh Samosir 1995). Teori ini menyatakan bahwa bila populasi fitoplankton meningkat, maka grazzing oleh zooplankton akan sampai pada kecepatan tertentu sehingga fitoplankton tidak sempat membelah diri. Populasi zooplankton menurun, maka fitoplankton akan berkembang sehingga fitoplankton akan melimpah.
b.      Teori penyingkiran hewan atau the theory of animal exclussion (Hardy dan Gunther disitasi oleh Samosir 1995). Teori ini mengatakan bahwa selama zooplankton melakukan migrasi vertikal harian, akan menemukan hambatan untuk mencapai permukaan bila berjumpa dengan kelimpahan fitoplankton yang sangat padat. Hal ini diduga karena fitoplankton menghasilkan suatu zat kimia tertentu sehingga zooplankton tidak mendekatinya.  

Teori perbedaan laju pertumbuhan atau the theory of differenrate (Nielsen  disitasi oleh Samosir, 1995). Mengemukakan bahwa meskipun zooplankton memakan fitoplankton tetapi untuk mencapai populasi yang melimpah akan membutuhkan waktu yang lebih lama dibandingkan fitoplankton. Hal ini disebabkan zooplankton mempunyai siklus reproduksi yang lebih panjang dibandingkan fitoplankton

Comments