Organisme berukuran kecil yang hidupnya atau pergerakannya tergantung arus atau yang lebih dikenal dengan nama plankton baik hidupnya sebagai hewan (zooplanktton) maupun sebagai tumbuh-tumbuhan (phytoplankton) dapat digunakan sebagai parameter kualitas air akibat adanya pencemaran. Adanya pencemaran mengakibatkan keragaman spesies plankton ini menjadi menurun dan didominasi oleh spesies tertentu. Keragaman spesies yang tinggi menandakan bahwa kualitas suatu perairan baik atau belum tercemar, tetapi sebaliknya bila keragaman spesies rendah menandakan bahwa perairan tersebut sudah tercemar.
Plankton terutama fitoplankton sering dan umum digunakan sebagai indikator biologis untuk menduga kualitas perairan, karena komunitas plankton (kecuali Cyanophyceae) umumnya sangat sensitif terhadap perubahan lingkungan, karena plankton merupakan biota stenotofik (toleransinya terhadap kondisi fisika – kimia yang sempit) disamping umurnya yang relatif singkat.
Analisis struktur komunitas biota dengan pemanfaatannya sebagai indikator biologis, dapat bersifat kuantitatif (indek) dan dapat bersifat kualitatif. Indek biologis pendekatannya adalah dengan melakukan kalkulasi terhadap komponen – komponen tertentu dari struktur komunitas biota yang diamati (secara kuantitatif).
Biota indikator (indikator biologis) adalah pendekatan analisis dengan mengamati komposisi jenis – jenis tertentu yang dominan dalam struktur komunitas (secara kualitatif).