Dilihat dari penyebabnya, kerusakan ekosistem pesisir dapat dibedakan menjadi dua, yaitu :
a. Kerusakan karena faktor alam. Contoh-contoh penyebab kerusakan ekosistem pesisir karena faktor alam adalah gempa, tsunami, badai, banjir, el-Nino, pemanasan global, predator.
b. Kerusakan akibat aktivitas manusia atau antropogenik. Contoh-contoh penyebab kerusakan akibat aktivitas manusia adalah penggunaan alat-alat penangkapan ikan yang membahayakan (dinamit/bahan peledak, racun/tubalpotas), penambangan karang dan pasir, reklamasi, limbah pertanian, sedimentasi sebagai akibat di daerah hulu karena penebangan dan penggundulan hutan, limbah sisa buangan baik dari aktivitas rumah tangga maupun industri yang ada di daerah daratan, pembuangan jangkar perahu nelayan, konversi mangrove untuk peruntukan lain seperti pembukaan tambak garam, ikan, maupun udang, penebangan mangrove untuk kayu bakar, bahan bangunan dan bahan baku kertas.
Kerusakan terumbu karang umumnya disebabkan oleh kegiatan-kegiatan perikanan yang bersifat destruktif, yaitu penggunaan bahan-bahan peledak, bahan beracun sianida, dan juga aktivitas penambangan karang untuk bahan bangunan. pembuangan jangkar perahu, dan sedimentasi tanah akibat meningkatnya erosi dari lahan atas. Kegiatan perikanan destruktif ini tidak hanya dilakukan oleh nelayan tradisional, tetapi juga oleh nelayan-nelayan modern dan juga nelayan asing yang melakukan kegiatan pencurian ikan di perairan nusantara.
Hal yang sama juga terjadi pada ekosistem hutan mangrove. Penyebab penurunan luasan mangrove tersebut adalah karena adanya peningkatan kegiatan yang mengkonversi hutan mangrove menjadi peruntukan lain seperti pembukaan tambak, pengembangan kawasan industri dan permukiman di kawasan pesisir serta penebangan hutan mangrove untuk kebutuhan kayu bakar, arang dan bahan bangunan.