Estuaria memiliki produktivitas yang lebih tinggi dibandingkan dengan habitat air tawar dan air asin. Namun berbagai faktor fisik dan kimia yang terdapat di wilayah estuaria sangat bervariasi, sehingga menciptakan suatu lingkungan yang tekanannya sangat besar bagi organisme yang hidup di dalamnya (Nybakken, 1992).
Salinitas
            Gambaran paling dominan dari lingkungan estuaria adalah fluktuasi salinitas (Nybakken, 1992). Nontji (2005), Menyatakan bahwa salinitas adalah jumlah berat semua garam (dalam gram) yang terlarut dalam satu liter air laut, biasanya dinyatakan dalam satuan permil (‰). Salinitas air permukaan menunjukkan sebaran nilai yang sangat bervariasi, terutama di muara. Fluktuasi salinitas terantung pada macam-macam faktor seperti struktur geografi, aliran air sungai, sirkulasi air dan juga musim (curah hujan serta penguapan) (Arinardi et al., 1997).
             Giyanto et al. (2004) menyebutkan bahwa variasi salinitas alami daerah muara di indonesia berkisar antara 15 – 32 ‰. Biota yang hidup di daerah ini biasanya mempunyai toleransi terhadap salinitas yan besar (euryhalin).
 Substrat
            Kebanyakan wilayah estuaria didominasi oleh substrat berlumpur, yang teksturnya sangat lembut. Substrat ini berasal dari sedimen yang terbawa ke estuaria oleh air laut dan air tawar. Sungai membawa partikel endapan lumpur dalam bentuk suspensi. Ketika partikel tersuspensi ini bertemu dengan air laut menyebabkan partikel endapan lumpur bersatu, membentuk partikel yang lebih besar dan lebih berat, yang kemudian mengendap, mebentuk lumpur dasar yang khas. Air laut juga membawa sejumlah material tersuspensi. Ketika air laut ini memasuki estuaria, pergerakan air yang membawa berbagai material tersuspensi melemah, akibatnya material yang tersuspensi menjadi mengendap dan ikut serta dalam pembentukan lumpur atau substrat pasir (Green, 1986).
            Pengendapan partikel juga dipengaruhi oleh arus dan ukuran partikel. Partikel yang berukuran besar mengendap lebih cepat dibandingkan partikel berukuran kecil. Sementara arus yang kuat membawa suspensi lebih lama dibandingkan dengan arus yang lemah (Nybakken, 1992).
            Diantara partikel yang mengendap di estuaria, banyak yang merupakan material organik, yang berasal dari habitat air tawar dan air laut. Material ini pada gilirannya akan bertindak sebagai sumber makanan yang cukup besar bagi organisme estuaria (Nybakken, 1992).
 Suhu
Suhu merupakan salah satu faktor yang sangat penting dalam mengatur proses kehidupan dan penyebaran organisme air di suatu perairan, karena suhu mempengaruhi aktivitas metabolisme maupun perkembangbiakan dari organisme-organisme tersebut. Perubahan suhu dapat memberi pengaruh besar kepada sifat-sifat air laut lainnya dan kepada biota laut. Suhu permukaan yang baik bagi kehidupan organisme di daerah tropis berkisar antara 20ºC – 30ºC (Nybakken, 1992). Suhu optimal untuk kehidupan plankton berkisar antara 20ºC – 30ºC (Effendi dan Susilo, 2001).
Welch (1952) disitasi oleh Noeratilova (2006) menyebutkan bahwa suhu air sangat dipengaruhi oleh jumlah sinar matahari yang jatuh ke permukaan air, yang sebagian dipantulkan ke atmosfir dan sebagian lainnya masuk ke perairan dan disimpan dalam bentuk energi. Menurut Nontji (2005), suhu air di permukaan dipengaruhi oleh kondisi meteorologi yang meliputi curah hujan, penguapan, kelembaban udara, suhu udara, kecepatan angin dan intensitas radiasi matahari.
 Kecerahan
            Kecerahan perairan adalah suatu kondisi yang menunjukkan kemampuan cahaya untuk menembus lapisan air pada kedalaman tertentu (Parsons et al., 1984 disitasi oleh Noeratilova, 2006). Radiasi matahari merupakan faktor yang penting dalam melengkapi cahaya yang dibutuhkan oleh fitoplankton untuk digunakan dalam proses fotosintesis (Hutabarat dan Evans, 1985). Sebagian cahaya akan diabsorbsi dan sebagian lagi akan dipantulkan keluar dari permukaan air.
            Kecerahan perairan tidak hanya tergantung pada kedudukan matahari dan cuaca, tetapi dapat disebabkan oleh benda-benda yang terdapat di dalam air, baik yang terlarut maupun partikel yang melayang di dalamnya (Noeratilova, 2006). Intensitas cahaya berfungsi sebagai alat orientasi bagi organisme akuatik yan akan mendukung kehidupan oranisme tersebut dalam habitatnya (Nontji, 2005). 
                                     
 Oksigen Terlarut (DO)
Oksigen terlarut merupakan salah satu faktor lingkungan yang sangat penting dalam ekosistem perairan. Pemasukan air tawar dan air laut yang teratur ke badan estuaria dan ditambah lagi dengan kedangkalan, turbulensi dan pencampuran oleh angin, biasanya suplai oksigen cukup banyak dalam kolom air. Kelarutan oksigen dalam air menurun jika suhu dan salinitas meningkat. Jumlah oksigen dalam air akan bervariasi jika parameter suhu dan salinitas bervariasi (Green, 1986).
            Oksigen terlarut dalam air dipengaruhi oleh suhu, air yang hangat dapat melarutkan oksigen lebih sedikit dari pada air yang dingin. Hal ini mempengaruhi hewan–hewan dalam linkungan perairan. Panas yang didapat pada perairan umumnya berasal dari sinar matahari (Muslimin, 1996).
Nitrat
            Nutrien adalah semua unsur dan senyawa yang dibutuhkan oleh tumbuh-tumbuhan dan berada dalam bentuk material organik (misalnya amonia, nitrat) dan anorganik terlarut (asam amino). Sebaran plankton di dalam kolom perairan sangat terantung pada konsentrasi nutrien. Konsentrasi nutrien di lapisan permukaan sangat sedikit dan akan meningkat pada lapisan termoklin (lapisan termoklin: lapisan di mana terjadi penurunan suhu dengan cepat terhadap kedalaman) dan lapisan di bawahnya (Aryawati, 2003).
            Keberadaan nutrien utama seperti nitrogen dan fosfat di suatu lokasi perairan merupakan kontribusi kompleks yang bersumber dari proses up welling, transportasi horizontal massa air (arus permukaan), suplai dari sungai (daratan) dan proses kehidupan dalam perairan tersebut (Sanusi, 1994 disitasi oleh Noeratilova, 2006). Nutrien yang dapat menjadi faktor pembatas pertumbuhan secara alami plankton adalah nitrogen. Nitrogen diabsorbsi oleh plankton dalam bentuk nitrat, nitrit, amoniak dan urea. Nitrogen yang diabsobsi tersebut akan digunakan untuk metabolisme tubuh sebagai sumber protein. Umumnya senyawa nitrogen organik terlarut merupakan hasil metabolisme organisme laut dan hasil pembusukan sampah atau organisme mati (Odum, 1971).
Pasang Surut
            Pasang surut merupakan salah satu gejala alami yang tampak nyata di laut, yakni suatu gerakan vertikal dari seluruh partikel massa air laut yang disebabkan oleh pengaruh dari gaya tarik menarik antara bumi dan benda-benda angkasa terutama matahari dan bulan (Wibisono, 2005). Puncak gelombang disebut pasang tinggi dan lembah gelombang disebut pasang rendah. Perbedaan vertikal antara pasang tinggi dan pasang rendah disebut rentang pasang surut (tidal range). Periode pasang surut adalah waktu antara puncak atau lembah gelombang ke puncak atau lembah gelombang berikutnya.
            Pasang surut laut merupakan hasil dari gaya tarik gravitasi dan efek sentrifugal. Meskipun ukuran bulan lebih kecil dari matahari, gaya tarik gravitasi bulan dua kali lebih besar daripada gaya tarik matahari dalam membangkitkan pasang surut laut karena jarak bulan lebih dekat daripada jarak matahari ke bumi.
            Posisi kedudukan bulan dan matahari dalam orbit selalu berubah terhadap bumi. Apabila bulan dan matahari berada pada satu garis lurus dengan bumi, maka gaya tarik keduanya saling memperkuat. Keadaan demikian menyebabkan terjadinya pasang surut yang sangat tinggi dan surut yang sangat rendah yang disebut pasang surut purnama (spring tide). Jika bulan dan matahari membentuk sudut siku-siku terhadap bumi, maka gaya tarik keduanya akan saling meniadakan, yang mengakibatkan perbedaan tinggi air antara pasang dan surut menjadi kecil. Keadaan ini disebut pasang surut perbani (neap tide) (Nontji, 2005).
            Pasang surut di Indonesia dapat dibagi menjadi empat jenis berdasarkan pola gerakan muka lautnya, yakni pasang surut semi diurnal atau pasang surut harian ganda (dua kali pasang dan dua kali surut dalam 24 jam), pasang surut diurnal atau pasang surut harian tunggal (satu kali pasang dan satu kali surut dalam 24 jam), campuran keduanya dengan jenis ganda dominan, dan campuran keduanya dengan jenis tunggal dominan (Romimohtarto dan Juwana, 2001).