Ekosistim di wilayah pesisir di bagi atas:
  1. ekosistim estuaria (estuary)
  2. ekosistim hutan mangrove (mangrove forest)
  3. ekosistim terumbu karang (coral reef)
  4. ekosistim padang lamun (seagrass)
EKOSISTIM ESTUARIA
Definisi:
Estuaria adalah: perairan pesisir semi-tertutup (semi-enclosed) dengan hubungan terbuka dengan laut; dengan demikian estuaria sangat dipengaruhi gerakan pasang surut muka laut, sedangkan air estuaria merupakan campuran air tawar yang masuk ke estuaria melalui drainase dari daratan, biasanya melalui sungai.
Klasifikasi Estuaria:
  1. Estuari berstartifikasi nyata atau estuaria baji garam, yang dicirikan oleh adanya batas yang jelas antara air tawar dan air asin.  Estuaria ini banyak ditemukan di daerah dimana alir air tawar dari daratan (biasanya melalui sungai besar) lebih dominan ketimbang penyusupan (intrusi) air asin dari laut yang dipengaruhi oleh pasang surut.
  2. Estuaria campuran sempurna atau estuaria homogen vertikal, banyak dipengaruhi oleh pasang surut sehingga tercampur sempurna dan tidak terdapat stratifikasi.
  3. Estuaria berstratifikasi sebagian/parsial atau estuaria berstratifikasi moderat.  Paling umum dijumpai, biasanya aliran air tawar seimbang dengan masuknya air laut lewat arus pasang.  Percampuran air teruatama oleh karena adanya aksi pasng surut secara terus-menerus, dan akan tercipta pola lapisan air dan massa air yang kompleks.
Biota Estuaria
Hewan air yang hidup di estuaria terdiri dari:
  1. spesies-spesies yang endemik (hampir seluruh hidupnya ada di estuaria) seperti bermacam kerang, kepiting dan ikan.
  2. spesies-spesies yang hanya tinggal untuk sementara waktu di estuaria seperti larva beberpa spesies udang dan ikan yang setelah menjadi dewasa seksual bermigrasi kelaut bebas.
  3. beberapa spesies ikan yang menggunakan estuaria sebagai jalur migrasi dari laut ke sungai dan sebaliknya seperti sidat dan ikan salmon.
Karakteristik Estuaria:
  1. Keterlindungan.  Karena estuaria merupakan perairan yang semi-tertutup maka biota akan terlindung dari aksi gelombang laut, dan dengan demikian memungkinkan tumbuhan laut untuk mengakar di dasar estuaria dan memungkinkan larva kerang-kerangan untuk menetap di estuaria.
  2. Kedalaman. 
  3. Salinitas
  4. Sirkulasi air (sistim arus)
  5. Pasang Surut
  6. Peyimpanan dan pendauran zat hara.
Produktivitas Hayati Estuaria
Ada bebrapa penyebab sehingga produktivitas hayati estuaria sangat baik yaitu:
  1. estuaria berperan sebagai jebak zat hara.  Dimana ada tiga cara ekosistim estuaria menyuburkan diri yaitu:
v  dipertahankan dan cepat di daur-ulang zat-zat hara oleh hewan-hewan yang hidup di dasar estuaria seperti bermacam kerang dan cacing.
v  Produksi detritus, yaitu partikel-partikel sersah daun tumbuhan akuatik makro seperti lamun, yang kemudian di makan olh bermacam ikan dan udang pemakan detritus.
v  Pemanfaatan zat hara yang terpendam jauh dalam dasar lewat aktivitas mikroba (organisme renik seperti bakteri) lewat akar tumbuhan yang masuk jauh kedalam dasar estuaria, atau lewat hewan penggali liang di dasar estuaria seperti bermacam cacing.
  1. Di daerah tropik estuaria memperoleh manfaat besar dari kenyataan bahwa tetumbuhan terdiri dari bermacam tipe yang komposisinya demikian rupa sehingga proses fotosintesis terjadi sepanjang tahun.
  2. arti penting pasang surut dalam menciptakan suatu ekosistim akuatik yang permukaan airnya berfluktuasi.
Peran Ekologis Estuaria.
Secara singkat dapat dikatakan bahwa peran ekologis estuaria yang penting ialah:
  1. merupakan sumber zat hara dan bahan organik bagi bagian estuaria yang jauh dari garis pantai maupun yang berdekatan dengannya, lewat diangkutnya zat hara dan bahan organik tersebut oleh sirkulasi pasang surut (tidal circulation);
  2. menyediakan habitat bagi sejumlah spesies ikan yang ekonomis penting yang bergantung pada dasar estuaria sebagai tempat berlindung dan tempat mencari makanan (feeding ground); dan
  3. memenuhi kebutuhan bermacam spesies ikan dan udang yang hidup di lepas pantai, tetapi yang bermigrasi ke perairan yang dangkal dan terlindung untuk bereproduksi dan /atau sebagai tempat tumbuh besar (nursery ground) anak mereka.

EKOSISTIM HUTAN MANGROVE
Hutan mangrove adalah sebutan umum bagi suatu jenis komunitas hayati pantai tropik yang didominasi oleh beberapa spesies pohon mangrove yang khas yang mampu tumbuh dan berkembang di perairan payau.  Hutan mangrove terdapat di daerah pasng surut pantai berlumpur yang terlindung dari gerakan gelombang dan dimana ada pemasokan air tawar dan partikel-partikel sedimen yang halus melalui aliran air permukaan (surface run – off).
Kondisi fisik hutan rawa mangrove.
Kondisi fisik yang nampak di daerah mangrove adalah:
v  Gerakan air yang minim, akibatnya partikel-partikel sedimen yang halus yang sampai di daerah mangrove cenderung mengendap dan menggumpal di dasr berupa lumpur halus.
v  Sirkulasi air dalam hutan mangrove. Berfungsi untuk mengalirkan unsur-unsur hara yang ada di hutan mangrove serta menghantarkan oksigen sehingga apabila terjadinya penumpukn substrat dikarenakan masa air yang bergerak di hutan mangrove tersebut.
v  Pasang surut, berfungsi sebagai piston dimana pasang surut ini dapat menghisap serta mengeluarkan aliran air sehingga terjadinya fluktuasi salinitas yang terdapat di hutang mangrove yang sagat mempengaruhi pertumbuhan serta perakaran yang terjadi.
Struktur dan adaptasi pohon Mangrove
Ada dua cara bagaimana pohon mangrove beradaptasi yaitu:
  1. dilengkapi struktur perakaran yang khas;
  2. menerapkan cara-cara yang khas untuk mendapatkan oksigen serta mencegah masuknya garam dalam jaringan pohon atau untuk mengeluarkan garam yang masuk kedalam jaringan pohon.
Adaptasi terhadap substrat lunak yang jelas tidak mampu menopang pohon terlihat pada sistim perakarannya, pada dasarnya ada dua tipe sistim perakaran:
v  Tipe pertama disebut sistem perakaran cakar ayam bercabang, cabang-cabang tiap akar luas menyebar.  Sepanjang cabang-cabang ini tumbuh sederet anak cabang berbentuk pinsil yang tegak lurus menembus permukaan substrat dan yang dinamakan pneumatofora.  Fungsi penumatofora adalah untuk menangkap oksigen.
v  Tipe kedua disebut sistim perakaran penyangga ganda dimana beberapa akar penyanggah tumbuh dari batang pohon menembus substrat, membentuk suatu struktur yang menyerupai kerangka payung.  Dari akar-akar penyangga utama tumbuh akar-akar penyanggah sekunder menembus permukaan substrat.  Juga dari akar-akar sekunder dapat dipercabangkan akar-akar penyangga tersier.
Biota Hutan Mangrove
Komunitas tumbuhan di ekosistim hutan mangrove seperti dikemukakan di atas didominasi oleh pohon-pohon mangrove.  Di indonesia jenis-jenis pohon mangrove yang dikenal misalnya pohon bakau (Rhizophora spp), pedada (Rhizophora spp), tajang (Bruguiera spp) dan api-api (Avicennia spp).
Terdapat dua tipe hewan laut, yaitu yang hidup pada substrat keras, yakni pada akar pohon mangrove, dan yang menghuni dasar hutan mangrove yang berupa lumpur.
Kelompok hewan laut yang dominan dalam ekosisitim hutan mangrove ialah moluska, krustacea dan beberapa ikan yang khas.  Moluska diwakili oleh beberapa siput yang pada umumnya hidup pada akar dan batang pohon mangrove.  Terdapat pula siput pemakan detritus yang hidup pada lumpur di dasar akar.
Fungsi Ekologis Hutan Bakau
Hutan Mangrove berfungsi sebagai:
  1. penangkal abrasi pantai dan penghambat angin badai
  2. daerah asuhan dan tumbuh besar (nursery ground) dan daerah mencari makanan (feeding ground) serta daerah pemijahan (spawning ground) bermacam ikan dan udang yang komersial penting dan hidup di perairan pantai dan di perairan lepas pantai.
  3. sebagai penghasil sejumlah detritus.  Detritus ini adalah partikel-partikel serasah daun dan dahan yang rontok menjadi serasah.  Dikatakan bahwa hutan mangrove dapat menghasilkan 6 ton detritus/ha.  Detritus akan dimanfaatkan oleh para pemakan detritus setempat.
  4. sebagai perangkap sedimen yang diangkut oleh aliran air permukaan (surface run-off) dan juga sebagai perangkap bahan-bahan pencemar tertentu yang akan diikat oleh substrat.
                                           

EKOSISTIM PADANG LAMUN (SEAGRASS BED)
Umum
Di dasar perairan pesisir tropik yang lebat banyak tumbuh tumbuhan yang lebat rerumputan laut yang merupakan satu-satunya tumbuhan berbunga yang hidup berakar dalam dasar laut.  Seluruh tumbuhan terendam dalam laut.  Sama halnya dengan rumput daratan, lamun membentuk padang-padang lamun yang luas dan lebat di dasar laut yang masih dapat dijangkau oleh sinar matahari dengan tingkat energi cahaya yang memadai bagi pertumbuhannya.  Juga sama halnya dengan rumput daratan, lamun tumbuh tegak, berdaun tipis yang bentuknya mirip pita dan berakar jalar.  Tunas-tunas tumbuh dari rizoma, yaitu bagian rumput yang tumbuh menjalar di bawah permukaan dasr laut.  Berlawanan dengan tumbuhan lain yang hidup dan terendam dalam permukaan laut (misalnya ganggang/alga laut) lamun berbuah dan menghasilkan biji.
Seperti dikemukakan di atas, lamun terdapat di perairan pesisir yang dangkal dan jernih dimana itensitas cahaya matahari masih memadai untuk pertumbuhannya.  Lain daripada itu sirkulasi air harus baik.  Air yang mangangkut hasil metabolisme lamun seperti Karbin dioksida (CO2) ke luar daerah padang lamun.  Juga bahan-bahan pencemar yang mungkin terdapat didarah sekitar padang lamun akan diangkut keluar wilayah tersebut.
Semua tipe dasar laut dapat ditumbuhi lamun, mulai dari lumpur encer sampai batu-batuan.  Namun padang-padang lamun yang luas boleh dibilang hanya dijumpai di dasar laut lumpur-berpasir yang lunak dan tebal.  Padang-padang lamun sering terdapat di perairan laut antara hutan rawa mangrove dan terumbu karang, dan terdapat keterkaitan yang erat antara ketiga ekosistim ini.
Fungsi padang lamun di Lingkungan Pesisir
  1. daun lamun segar merupakan makanan bagi ikan duyung ( yang sebenarnya bukan ikan, tetapi hewan menyusui : mamalia), penyu laut, bulu babi dan beberapa jenis ikan.  Padang lamun merupakan daerah perumputan (grazing ground) yang penting artinya bagi hewan-hewan laut ini.
  2. sistim perakaran lamun yang padat saling menyilang dapat menstabilkan dasar laut dan mengakibatkan kokoh tertanamnya lamun dalam dasar laut.  Bahkan lamun tidak mudah tercabut oleh gelombang yang kuat pada waktu badai/topan.
  3. padang lamun juga berfungsi sebagai perangkap sedimen yang kemudian diendapkan dan distabilkan.
  4. padang lamun merupakan habitat bagi bermacam ikan (pada umumnya ikan berukuran kecil) dan udang.
  5. pada permukaan lamun hidup berlimpah ganggang-ganggang renik (biasanya ganggang bersel tunggal) dan hewan-hewan renik serta mikroba, yang merupakan makananbagi bermacam ikan yang hidup di padang lamun.
  6. banyak jenis ikan dan udang yang hidup diperairan sekitar padang lamun menghasilkan larva yang bermigrasi ke padang lamun untuk tumbuh menjadi besar.
  7. daun-daun lamun juga berperan sebagai tudung pelindung yang melindungi penghuni padang lamun dari sengatan sinar matahari.
EKOSISTIM TERUMBU KARANG (CORAL REEF)
Struktur Karang
Terumbu karang unik di atara berbagai asosiasi atau komunitas hayati bahari, karena seluruhnya terbentuk oleh kegiatan biologis dan hanya terdapat di laut tropik.  Pada dasarnya terumbu merupakan deposit kalsium karbonat (CaCO3) yang masif.  Penghasil/produser utama kalsium karbonat ini ialah karang pembentuk terumbu (terumbu hermatipik), yaitu suatu hewan tak-bertulang belakang yang termasuk dalam Phylum Cnidaria- ordo Scleractinia, dengan sedikit tambahan deposit kalsium karbonat dari ganggang-ganggang dan organisme lain yang menyekresi kalsium karbonat.
Karena anggota komunitas terumbu karang yang dominan adalah karang pembentuk terumbu (karang hermatipik), perlu dimengerti sedikit tentang anatominya.  Karang pembentuk terumbu ini hidup berkoloni dan tiap individu karang dinamakan polip menempati mangkuk kecil yang dinamakan koralit.  Tiap mangkuk atau koralit mempunyai beberapa seri sekat (septum) yang tajam dan berbentuk daun yang tumbuh keluar dari dasar koralit.  Pola septa ini berbeda pada tiap spesies karang yang merupakan dasar bagi pembagian ke dalam spesies.  Tiap polip adalah seekor hewan yang berkulit ganda.  Kulit luar dinamakan epidermis yang dipisahkan oleh lapisan jaringan mati (yang dinamakan mesoglea) dari kulit dalam yang dinamakan gastrodermis.  Baik epidermis, maupun gastrodermis dapat ditembus oleh cahaya.  Sekeliling polip terdapat rangkaian tentakel yang dipakai untuk menangkap makanan berupa organisme hewani yang melayang-layang dalam perairan (zooplankton).  Jadi, karang adalah predator yang hidupnya menetap di satu tempat.
Dalam gastrodermis terdapat tumbuhan renik bersel tunggal yang dinamakan zooksantela yang hidup bersimbiosis dengan polip.  Zooksantela ini dapat memproses limbah metabolisme polip berupa senyawa nitrat anorganik dan fosfat anorganik menjadi senyawa-senyawa organik yang kompleks seperti protein, karbihidrat dan lemak melalui proses fotosintesa.  Protein, karbohidrat dan lemak yang dihasilkan zooksantela ini kemudian disekresikan oleh zooksantela ke dalam usus polip sehingga dapat dimanfaatkan polip sebagai pangan.  Lain daripada itu sekresi kalsium karbonat (CaCO3) oleh polip akan barlangsung baik apabila terdapat zooksantela dalam jumlah yang memadai dalam gastrodermis polip.  Singkatnya terdapat sibiosis yang saling menguntungkan antara polip dengan zooksantela.