Banyak wanita hamil dengan parasit malaria dalam darahnya tidak memiliki gejala-gejala malaria. Meskipun seorang wanita hamil tidak merasa sakit, infeksi malaria tetap dapat mempengaruhi kesehatannya dan bayinya. Malaria meningkatkan kejadian anemia pada ibu, yang bila berat akan meningkatkan resiko kematian maternal. Malaria meyebabkan 2-15% anemia pada wanita hamil. Di Afrika, anemia yang disebabkan malaria dapat menyebabkan sebanyak 10.000 kematian maternal tiap tahunnya.

Patogenesisnya sendiri hampir mirip preeklampsia, dimana pada malaria didapatkan sekuestrasi dan resetting yang dapat menyebabkan gangguan pada mikrovaskuler, sementara pada preeklampsia terjadi disfungsi endotel sehingga akan menyebabkan terjadinya mikrotrombosis pada mikrovaskuler. Keduanya akan menyebabkan hipoksia jaringan. Bedanya pada preeklampsia dengan kerusakan endotel, tromboksan A2 akan meningkat sehingga rasionya akan lebih besar dibandingkan prostasiklin, sehingga akan terjadi vasokonstriksi yang akan menyebabkan hipertensi. Sedangkan pada malaria, proses yang terjadi adalah vasodilatasi sehingga yang muncul biasanya hipotensi.

Plasenta merupakan tempat yang disukai untuk sekuestrasi dan perkembangan parasit malaria. Ruang intervili terisi oleh parasit dan makrofag sehingga mengganggu transport oksigen dan nutrisi ke janin. Hipertrofi vilus dan nekrosis fibroid villi dapat dilihat. Jaringan plasenta akan mengandung pigmen malaria (dengan atau tanpa parasit).