Selama kehamilan, parasit malaria di dalam plasenta dapat mengganggu transfer oksigen dan nutrisi dari ibu ke janin. Infeksi malaria pada ibu, akan meningkatkan resiko abortus spontan, stillbirth, kelahiran preterm, dan berat lahir rendah. Sekitar 5-14% dari bayi dengan berat lahir rendah dilahirkan oleh ibu dengan infeksi malaria, dan diperkirakan sekitar 3-5% dari kematian bayi dapat ditelusuri dari infeksi malaria pada ibu. Pada beberapa kasus, parasit malaria dapat melewati plasenta dan masuk ke darah bayi serta menyebabkan anemia pada bayi.

Resiko infeksi malaria pada janin adalah sebagai berikut:
 Demam tinggi, insufisiensi plasenta, hipoglikemi, anemia, dan komplikasi lain mengakibatkan mortalitas prenatal dan neonatal 15-17%, mortalitas yang disebabkan P. falciparum 33%.
 Abortus spontan, lahir prematur, lahir mati, insufisiensi plasenta, PJT, BBLR, dan gawat janin.
 Malaria kongenital: sangat jarang dan terjadi pada < 5% kehamilan dengan malaria, di mana gejala klinis yang timbul pada bayi yang lahir: demam, iritabilitas, problem minum, hepatosplenomegali, anemia, ikterik.