Estuaria adalah perairan yang semi tertutup yang berhubungan bebas dengan laut, sehingga air laut dengan salinitas tinggi dapat bercampur dengan air tawar (Pickard, 1967). Kombinasi pengaruh air laut dan air tawar tersebut akan menghasilkan suatu komunitas yang khas dengan kondisi lingkungan yang bervariasi, antara lain; 1. Tempat bertemunya arus sungai dengan arus pasang surut yang berlawanan hingga menyebabkan pengaruh pada sedimentasi, pencampuran air, dan ciri-ciri fisika lainnya, serta membawa pengaruh besar pada biotanya. 2. Pencampuran kedua macam air tersebut menghasilkan suatu sifat fisika lingkungan khusus yang tidak sama dengan sifat air sungai maupun sifat air laut. 3. Perubahan yang terjadi akibat adanya pasang surut mengharuskan komunitas mengadakan penyesuaian secara fisiologis dengan lingkungan sekelilingnya. 4. Tingkat kadar garam di daerah estuaria tergantung pada pasang surut air laut, banyaknya aliran air tawar dan arus-arus lain, serta topografi daerah estuaria tersebut. 
            Odum (1993) Estuaria merupakan wilayah peralihan (ekoton) antara habitat air tawar dan air asin. Estuaria mempunyai peran yang sangat penting sebagai tempat memijah dan mencari makan (feeding ground) bagi sebagian besar jenis-jenis ikan bernilai ekonomis yang hidup di perairan pantai. Rustam dan Rudy (2004) Menyebutkan bahwa wilayah estuaria merupakan habitat yang penting bagi sejumlah besar ikan dan udang untuk memijah dan membesarkan anak-anaknya. Beberapa larva ikan yang dipijahkan di laut lepas juga bermigrasi ke wilayah estuaria pada fase larvanya.
            Sumich (1992), estuaria adalah perairan pesisir yang semi tertutup dimana air tawar dan air laut bertemu serta bercampur. Estuaria merupakan ekosistem khas yang pada umumnya terdiri atas hutan mangrove, gambut, rawa payau dan daratan lumpur. Sebagaian besar estuaria didominasi oleh substrat berlumpur yang merupakan endapan yang dibawa oleh air tawar dan air laut.
      Jumlah organisme yang mendiami estuaria jauh lebih sedikit dibandingkan dengan organisme yang hidup di perairan tawar dan laut, hal ini disebabkan karena adanya fluktuasi kondisi lingkungan sehingga hanya spesies yang memiliki adaptasi khas yang mampu bertahan hidup (Mc Connaughey and Zottoli, 1983).