Estuari berasal dari kata aestus yang berarti pasang surut. Estuari sangat dipengaruhi oleh pasang surut air laut, dan di dalam badan estuari air laut bercampur dengan air tawar (Odum, 1993). Jadi estuari dapat didefinisikan sebagai perairan pesisir, yang semi tertutup yang memiliki hubungan bebas dengan laut, dimana air laut bercampur dengan air sungai atau aliran air dari daratan (Sumich, 1992).
Estuari dikenal sebagai ekosistem dengan produktivitas yang tinggi. Produktivitas primer rata-rata estuari sebesar 1500 g/m2/tahun (berat kering), sedangkan laut terbuka hanya 125 g/m2¬/tahun, perairan benua 360 g/¬¬¬¬m2¬¬¬/tahun, danau dan sungai 400 g/m2/tahun, dan lahan pertanian 650 g/m2¬¬/tahun. Estuari tidak hanya produktif dalam aliran energi biologi namun juga berperan penting sebagai tempat memijah dan pemeliharaan larva bagi spesies ikan laut yang melakukan migrasi. Selain itu estuari juga berperan sebagai tempat makan dan istirahat bagi spesies-spesies burung air (Corell, 1978 disitasi oleh Saptarini et al.,1996).
Fungsi penting estuari yang juga menjadi alasan perlunya konservasi kawasan ini adalah:
l. Estuari merupakan kawasan produktif karena adanya nutrisi yang berlimpah akibat subsidi aliran air. Percampuran yang vertikal dan adanya turbulensi yang menyebabkan suatu jebak hara sehingga tumbuhan di estuari dapat memperoleh fosfor dan nutrien lain yang ada di perairan laut dan perairan tawar yang berdekatan.
2. Tiga tipe autotrof menyediakan sumber makanan yang beragam untuk heterotrof. Tiga tipe autotrof tersebut adalah: makrofita (rumput rawa, rumput laut, padang lamun), alga bentik dan fitoplankton.
3. Estuari merupakan tempat pemijahan untuk spesies-spesies makanan laut yang penting. Kerang dan kepiting yang dapat dimakan juga berada di estuari di sebagian siklus hidupnya. Beberapa jenis udang dan ikan-ikan komersial yang ditangkap di perairan lepas pantai, menghabiskan masa awal hidupnya di estuari, yang rnemiliki makanan yang berlimpah serta perlindungan dari predator ( Odum, 1993 ).
Faktor-faktor yang menyebabkan estuari sebagai daerah perangkap nutrien:
1. Sifat sedimen estuari dengan kandungan mineral liat dan daya absorbtifnya yang tinggi mengakibatkan sedimennya kaya akan nutrien dan material lain.
2. Adanya proses biodeposisi dimana hewan-hewan penyaring mengambil makanannya dari material yang tersuspensi kemudian dikeluarkan melalui feses yang akan terdeposit di sedimen.
3. Adanya kombinasi pasang surut dan aliran masa air yang berbeda salinitasnya sehingga nutrien akan selalu terperangkap dalam estuari (Knox, 1986).