Sistem penginderaan jauh sangat berguna dalam berbagai kajian di wilayah daratan (terrestrial) dan laut. Interaksi terrestrial dengan radiasi gelombang elektromagnetik (REM) lebih mudah dipelajari disbanding dengan lautan. Berikut adalah keterbatasan aplikasi system penginderaan jauh di wilayah pesisir tropis seperti Indonesia:
a. Tutupan awan, mempengaruhi REM ke permukaan bumi, sehingga dapat mengurangi intensitas REM yang ditransmisikan dan kualitas gambar (citra) yang dihasilkan. Di daerah tropis yang bebas awan dan jarang hujan (misalnya, Indonesia Timur) menghasilkan citra yang lebih bagus dibandingkan daerah lain yang sering hujan.
b. Resolusi spasial dan resolusi spectral sensor terlalu kasar karena kondisi/sifat pesisir yang dinamis
c. Kekeruhan dan variasi warna air menyulitkan klasifikasi dan batimetri. Hal ini mengakibatkan warna citra berubah-ubah karena kekeruhan akibat jumlah muatan padatan terlarut yang beragam dan batimetri menjadi bias.
d. Variasi kedalaman dan arus menyulitkan perbandingan tingkatan klasifikasi citra. Selain itu, gelombang elektromagnetik tidak mampu melakukan penetrasi kedalaman secara keseluruhan dan kondisi pasang surut yang berubah-ubah.
e. Percampuran substrat dari berbagai ukuran butir membingungkan pengematan batimetri.
f. Hamburan balik dari atmosferdan sinar matahari menyulitkan intepretasi karena citra yang dihasilkan buram. Keadaan laut yang buruk meningkatkan hamburan balik dan mengurangi penetrasi cahaya.
g. Resolusi temporal jarang yang dikarenakan proses pengambilan dan pemrosesan citra membutuhkan biaya yang tinggi (mahal).
h. Kesulitan dalam memperoleh koreksi geometric untuk koreksi citra. Hal ini dikarenakan perbedaan antara data citra dengan kondisi di lapangan yang mempersulit intepretasi citra.
i. Ketersediaan informasi. Penginderaan jauh biasanya menyediakan informasi geomorfologi dibanding dengan informasi biologi. Interaksi di darat lebih mudah dipelajari disbanding dengan pesisir dan lautan. Hal ini dikarenakan pada lingkungan laut< REMpada panjang gelombang tertentu mengalami transmisi, sehingga energy yang diterima sensor dapat berasal dari permukaan, material pada kolom air dan material dasar saja.
j. Resolusi radiometric terbatas dan membutuhkan koreksi radiometrik karena pantulan yang ditangkap oleh sensor dari objek hanya berasal dari permukaan material dasar dan material pada kolom air.